引物设计保护碱基列表

在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。

添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数目，一是碱基种类。

添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。

添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。

保护碱基列表

Enzyme Oligo Sequence Chain % Cleavage Length 2 hr 20 hr 8 10 12 8 10 12 0 0 0 0 >90 >90 0 0 0 0 >90 >90 GGTCGACC AccI CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG CACATGTG AflIII CCACATGTGG CCCACATGTGGG 页脚内容

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GGCGCGCC AscI AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA CCCCGGGG AvaI CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA CGGATCCG BamHI CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG CAGATCTG BglII GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC GGCGCGCC BssHII AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA BstEII GGGT(A/T)ACCC AACTGCAGAACCAATGCATTGG BstXI AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT CATCGATG ClaI GATCGATC CCATCGATGG 页脚内容

8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 9 22 24 27 8 8 10 >90 >90 >90 50 >90 >90 10 >90 >90 0 75 25 0 0 50 0 0 25 25 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 25 >90 >90 0 >90 >90 0 0 >90 10 0 50 >90 0 0 >90 2011年最新异径三通规格表|等径三通规格表|异径三通规格型号表

CCCATCGATGGG 12 50 50 GGAATTCC EcoRI CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG GGGGCCCC HaeIII AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA CAAGCTTG HindIII CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG GGGTACCC KpnI GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG GACGCGTC CGACGCGTCG CCCATGGG CATGCCATGGCATG CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC 页脚内容

8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 8 14 8 10 12 18 >90 >90 >90 >90 >90 >90 0 0 10 0 >90 >90 0 25 0 50 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 0 0 75 0 >90 >90 0 50 0 75 0 0 0 0 MluI NcoI NdeI 2011年最新异径三通规格表|等径三通规格表|异径三通规格型号表

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22 24 26 8 10 12 8 8 12 28 30 32 8 12 6 8 10 12 8 10 12 14 >90 >90 0 0 10 0 10 0 50 0 10 10 10 75 0 0 10 >90 10 10 0 0 >90 >90 0 0 25 10 10 0 >90 0 50 75 25 75 10 10 50 >90 >90 >90 50 50 SacII ScaI SmaI SpeI 2011年最新异径三通规格表|等径三通规格表|异径三通规格型号表

GGCATGCC SphI CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT AAGGCCTT StuI GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG CCTCGAGG XhoI CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA

8 12 14 8 10 12 8 10 12 14 8 10 12 8 10 12 14 0 0 10 >90 >90 >90 0 >90 75 75 0 10 10 0 25 50 >90 0 25 50 >90 >90 >90 0 >90 >90 >90 0 25 75 0 75 >90 >90 XbaI XmaI

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