:/DOI１０．３９６９i．ssn．１００２－２６９４．２０１９．００．１６３j
中国人兽共患病学报
ChineseJournalofZoonoses
)２０１９,３５(１１
实验研究
布鲁氏菌A１９疫苗株全基因组测序
及比较基因组学分析
２,王姝懿１,赵学亮１,孙 柯１,呼和巴特尔１,王文龙１
采用I并与GlluminaHise０００和PacBio对A１９进行全基因组测序,enBank上的８株菌进行比较基因组学解析.A１９基因q４,预测３３组３２对应基因有２５将其归入２根据８６１６７b７１个基因,GC含量５７．２５％.通过注释COG库,６０个,２类COG中;p比对K得到２５共参与３大多数AEGG库,４４个基因,３类代谢通路.结果 综合两个数据库结果发现,１９预测基因中的基因功能主要与膜运输、氨基酸转运及碳水化合物代谢有关.结论 通过分析发现,A１９和猪羊牛种布鲁氏菌之间存在一定差异,并找出牛种毒力基因.本实验通过测序A为布鲁菌疫苗的研究提供思路.１９全基因组,
关键词:布鲁氏菌;布鲁菌疫苗株A全基因组测序;比较基因组学研究１９;
摘 要:目的 探索布鲁氏杆菌A分子生物学的功能,并对其生物信息学进行研究.方法 １９疫苗株全基因组的结构、
()中图分类号:R３７８．５ 文献标识码:A 文章编号:１００２－２６９４２０１９１１－１００２－０７
WholeＧenomeseuencinndcomarativegenomicsgqgap
analsisofBrucellavaccinestrainA１９y
(/１．KeaboratorlinicalDianosisandTreatmentTechnolonAnimalDisease,MinistrricultureyLyofCggyiyofAgColleeoeterinaredicine,InnerMonoliaAriculturalUniversitHohhot０１００１８,China;gfVyMggy,
２．InnerMonoliaCenterorDiseaseControlandPrevention,Hohhot０１００３１,China)gf１２１１１１
,,HUH,WANGShuＧiZHAOXueＧlianSUNKeebateerWANGWenＧlonyg,g
,
theBrucellavaccinestrainA１９．WholegenomeseuencinfA１９wasperformedusinIlluminaHise０００andPacBioseuenＧqgogq４q,cinechnolothencomarativegenomicsanalsiswerecarriedoutwith８strainsofBrucellareleasedinGenBank．TheA１９gtgypy
:,mAbstractThisstudxloresthestructureofwholegenomeolecularbiolounctionsandbioinformaticsanalsisofyepgyfy
;,,２５６０geneswerecorresondinoitandclassifiedinto２２COGsthrouhtheKEGGdatabase２５４４geneswereobtainedpgtg,,redictivegenesarerelatedtomembranetransortaminoacidtransortandcarbohdratemetabolism．Insummartherewaspppyy,mwhichinvolved３３tesofmetabolicpathwas．CombininheresultsfromtwodatabasesostofthegenefunctionsinA１９ypygt
,,enomeis３２８６１６７bandthepredictedgeneswas３３７１withaGCvalueof５７．２５％．ThrouhtheCOGdatabaseannotationgpg
acertaindifferenceamonheBrucellavaccinestrainA１９andotherBrucellastrains．AlsosomevirulencegenesofBrucellagtabortuswerefound．ThisstudrovidesideasforfurtherstudfBrucellavaccineberforminthewholegenomeseuencinypyoypgqgofA１９．
:;KewordsBrucella;BrucellavaccinestrainA１９;wholeＧenomeseuencincomarativegenomicsanalsisgqgpyy
();内蒙古高等教育研究院项目(共No．２０１５０２０７１No．NJZZ１９０４１)同资助.王姝懿,赵学亮为并列第一作者
:通讯作者:呼和巴特尔,Emailhhbte＠１６３．com;
:王文龙,Emailwwli．mau＠１６３．com;
;内蒙古科技厅项目内蒙古科技厅农业资助项目(No．２０１２０２４４)
_(,enceandTechnoloencNo．２０１２０２４４)ProectofInＧgyAgyj)２０１５０２０７１andProectofInnerMonoliaHiherEducationjggXueＧlianaveaneualcontributiontothispaer．ghqp,:wWanenＧlonEmailwli．mau＠１６３．comgWg
SuortedbheAriculturalProectofInnerMonoliaSciＧppytgjgnerMonoliaScienceandTechnoloencNo．ggyAgy_(ResearcAencNo．NJZZ１９０４１)．WanhuＧiandZhaogy_(gSy
ORCID:００００Ｇ０００１Ｇ７１９７Ｇ０４４０;
作者单位:内蒙古农业大学兽医学院/农业农村部动物疾病临床１．
内蒙古自治区综合疾病预防控制中心,呼和浩特 ２．０１００３１
诊疗技术重点实验室,呼和浩特 ０１００１８;
ORCID:００００Ｇ０００２Ｇ６１６１Ｇ５５６５
:H,:CorresondinuthoruhebateerEmailhhbte＠１６３．com;pga
１１期王姝懿,等:布鲁氏菌A１９疫苗株全基因组测序及比较基因组学分析１００３
)是由布鲁氏菌引起的 布鲁氏菌病(Brucellosis一种严重的人兽共患病,给人类健康及畜牧业带来严重威胁.目前,疫苗接种是防控布病的重要手段之一.中国在布病严重流行区广泛使用S２和A１９疫苗.牛种疫苗布鲁杆菌A１９是弱毒疫苗株,１９２３年经过自然减毒形成,毒力稳定且免疫保护效果优良,从１９４０年开始在中国推广使用.而美国科学家发现另一种疫苗株S在国际上应用广泛且更加１９,安全,是对赤藓糖醇敏感的菌株,也是迄今为止最有//均符合测序OD２６０２８０＝１．９３,浓度１３７．６nL,gμ
标准.
品D结果见图１.经分光光度法检测DNA,NA后,
效的疾病疫苗[１]
(.大多数S１９均有相应缺失序列
用的７０２bAp１９),和在赤藓醇相关的操纵子上有缺失S１９相比没有缺失,在缺少赤藓糖醇的,我国使培养基上可良好生长.
对于防控布病,疫苗的有效开发意义深远.全基因组测序可以从根本上探究其基因组全面信息.本研究测序A１９全基因组,并进行不同种之间的比较基因组学解析,筛选出基因在不同种型之间的差异.通过各种数据库对其进行分类和注释分析,预测其基因功能进而挖掘毒力相关因子.为续研究给予有利的数据支撑,也为疫苗的改良A１、９后开发以及鉴别诊断方法的建立奠定理论依据. 材料与方法
．１ 菌株．２ 主要试剂 A１９
基因组HiDNA提 T(齐鲁动保有限公司取IA试N剂am盒p、B
核act酸eri).染aD料N、A琼K脂it细菌糖、λＧ．３Ln２d ００提取０Ⅲ(Tdaikg
aersat公司DNA)
.marker(Takara公司),明,使用TDIN组iotDeNchCA.
o．,AA及凝胶电泳检测LtNda．m,BpeijBinag
ct,eCrihainaD 根据制造商的说)N提A取Ki纯t化(Ti总an基ge因n．４ 布鲁氏菌A１９全基因组检测基因组以及串联重复序列的预测DNA样品的测序、 主要完成对
１９功能基因预测注释等工作(hHang
zhouLianＧ．５ua AnB１i９olo与gic猪alT羊牛ech种n的olo比gy较C
基o．因,L组td学).分析与猪种(VBI２２、１３３０)、羊种(１６M、M２８)
和 A牛１种９(较基因组学解析２３０８、S１９、９Ｇ９４１,、筛选出共有A１３３３４)分别进行不同种型的比、特有基因以及牛种毒力基因.
结．１ 样品 果NA,D用琼脂糖凝胶电泳NA提取及检测 提取和纯化因组D(１％)检测(２Aμ１L９基)样dMig
１es:t标准分子量;１、２、３、４:DA１N９AD基因组L２０００;M２:标准分子量DNAλＧHindⅢ
图１ A１９疫苗株基因组凝胶电泳
Fig．１ Agarosegelelectrop
horesisofBrucellavaccinestrainA１９genomeDNA
．２ A１９基因组测序分析．２．１ A１９基因组序列的基本信息H 通过Illumina据is,eq经过过滤为４
０００平台测序,结果表明,２．５９G,A测序平均深度１９共得到２７．８９３０G原始数×.组装
个７,２A１９基因组３２总长度５％.组组全长的８２６８分．１２１９分％７９析５b发p现且平均长度,预８６１测出６７编b８５码p
,４b基Gp因C含量,占基因３３７１个.散在重复序列.用tRNA预测数５５个,rRNA１２测出列预测用５２个平均长度序列,且TRF软件１,７A６bRep
１９pea的序列tMaske.r预测,对串联重复序A１９预共预测出７并没有预６０个小卫星(测到微卫星(MinisatelliteD５个串联重复NA)DNA,A１９组装结果详见表１,
M基因组序列预测见表icrosatelliteDNA)D２N.A.
表１ A１９基因组测序组装结果统计
Tab．１ Assemblyresultsofgenomeseq
uenceofBrucellavaccinestrainA１９
Name
A１９ＧCh１BNaose．oifnaallllssccaaffffolds
２１１
A１９Ｇ１
Ch２G＋Cc５２７３９９７１１Nrate
ontent(％old)s０．１６５６７２１７００．３４１１２２５１１１ABDc１２２１００４
中国人兽共患病学报
表２ A１９基因预测结果统计
()２０１９,３５１１
Tab．２ GenepredictionresultsofBrucellavaccinestrainA１９(Geneamont＃)
A１９ＧCh１１８１０４２２１．０２８３６２１６４
A１９ＧCh２１０１９３７３０．９９８８５１１５１
及萜类代谢,共３核苷酸的代谢,共８６个基因;９个基因;共２其他氨基酸的代谢,共６０８个基因;２个基因;外源化学物新陈代谢及降解,共６脂质１个基因;代谢,共７碳水化合物合成,共１２个基因;８７个基因;辅助因子及维生素代谢,共１心血管５６个基因;疾病,共２个基因;神经退行性疾病,共９个基因;内分泌和代谢疾病,共９个基因;传染性疾病,共１８个共８折叠、分类和降解,共４复制３个基因;０个基因;和修复,共４膜转运,共２信号２个基因;２８个基因;基因;癌症,共１转录,共４个基因;翻译,２个基因;
/Totaltotallenthbgp/Genedensitbyp
/Geneaveraelenthbggp/％GCcontentingenereiong
/InterenicreionlenthbgggpGene/Genome/％
５８．３０３１３５７５８５．２０
５８．４０１４２７９７８７．７０
rGCcontentininterg
enic５０．００４９．６０Ieg
ng
etineoorng/meen％/ic％regionlength/１４．８０１２．３０．２．２ A１９基因组的C个O,G库进行比对,CO关G预测分析与其相的基因得到 共A１将这些基因信息依据COG分类标准进行分类２５９与６０
,
A１９基因组被划分为染色质动力学、染色质结构２２类.
(能量转化产生(,共１个基调控、染色体的分配C),共(１７７个基因B;)
因;细胞周期分裂、(基因E),;共碳水化合物运输３０６个基因;核D苷),酸共代２７个基因;
氨基酸运输谢转运((谢转运(HG),共１５４个基因F),共;
辅酶代７３个;),共１１０个基因;脂质代谢运输(３个基因核糖体合成及结构((２５个基K)因共;１５５个基因;复制、J重组和修复),共１６４个基因I
),共;
转录,(细胞膜壁的合成(,共１L),共修饰周转(ON),)共１２３５４个基因;M翻译后蛋白质折叠)５１个基因;
细胞的运动(,共、个基因;
无机离子代谢转运(P基因Q)),共１次级代谢产物运输、合成、分解;未知的４８７２个基因;
(,共个基因;一般性的预测功能(功能(R),１９５个基因T),;共防６御７个基因;细胞内及膜泡转运S),２９４个基因;转导信号机制((机制(WV),共３７个基因;细U)胞,共外４结２个构(２．３, A共１个基因.．)１９基因组的G库,A１９KE中GG代谢通路分类与其对应的基因 本研
究比对个,将这些基因划分为KEG３３类代谢通路,其分别对应２５４４不同基因序列表达产物.每一类基因的功能和数量见图因;神经系统２:排泄系统,共６,共个基因１个基因;消化系统,共;循环系统,共３个基因１个基;
环境适应系统,共因;合成次级代谢产物６个基因;内分泌系统,共,共７个基因;能量代谢,共１４１９５个基因;合成糖类７个基,共个基因;全球概览图,共６５３个基因;氨基酸代谢,共２１８个基因;
聚酮类转导,共细胞运动６,８个基因;
代谢转运及分解,共共３９个基因;细胞生长和死亡７个基因;,共２６个基因.
．３ A１９与其它布鲁氏菌的比较基因组学分析A基因组１９与猪羊牛种共学分析,菌株９株菌进行不同种型之间的比较
统计信息见表A３.结果显示:
有１９,S１９,２３０８,９个２;A８１１９９个,特有基因有Ｇ９４１和,１３３０,VBI２２,１６６９AM３１３个３３,４之间的共有基因
非冗余基因有和M２８之间的共５４有８基８因有０００４特有３１个１个,基因有.可见不同种布鲁杆菌之间在基因水平上４７８７个,
非冗余基因有还是存在很大差异的,即使同种不同型别之间也存在一定差异,且种间差异更大.
表３ ６株菌基本信息统计结果
Tab．３ Basicinformationstatisticalresultsof
６strainsofbacteria
StAra１i９
nsCh１３３０２rs３Size
GCProteinVMB２I２８２２３．２．３９５(％)３３Gene３１２３５７．２３３７３３５１３１２６１２３．３２５７．２３１６２６３０M
２３．３２５７．２３３６８１３３８１３１６４９Ｇ９４８
２３．２１５７．２３３７３１４７４S１９
１２３．２９８５７．２３３７２３１３A１３３３４２３．２５７３３７５６３１５４２
３．２９．２８９
５７．２５７．２７．２．２
３３７８９６
３１５３３３１５６１８
本研究针对析,在蛋白质组之５株牛种野毒和疫苗株进行深入分
间进行成对和相互比较以鉴定
００％相同的基因.在个基因分别在野毒株６９３个特有基因中,
总共和５２１９９和１１２被注释为假想蛋白的基因分别为２３０８中被鉴定为特异.且此３株野毒株中功能９Ｇ９４１、A１３３３４３９、２４和９个.同
２２１９１２２１２１１期王姝懿,等:布鲁氏菌A１９疫苗株全基因组测序及比较基因组学分析１００５
图２ A１９基因组基因KEGG代谢通路分类
Fi．２ KEGGpathwalassificationforgenesofBrucellavaccinestrainA１９gyc
时对具有明确功能定义的剩余基因进行文献检索以确定这些基因是否具有毒性.通过筛选,在功能明确的特异基因中,超过一半基因编码与生物体基本生命周期有关的各种酶,其中,有几种基因可能与毒力有关.对于９Ｇ９４１、A１３３３４和２３０８这３株菌的毒力基因,其详细功能注释列于表４中.
上述毒力基因都可作为区分野毒株和疫苗株的重要依据.在这些毒力基因中,以ABC转运蛋白(、ATABCＧtransorterＧermease)P结合蛋白pp
()、双组分转录调节因子(ATPＧbindinＧroteintwoＧgp
、鞭毛蛋白comonentＧtranscritionalＧreulator)ppg()和IflaellarproteinV型分泌系统virB５蛋白等g
为主要毒力因子.它们会直接或间接影响生物机体的代谢和转运系统.这些差异基因在野毒株中是特异的,意味着在疫苗株中缺失相应的功能,这可能是疫苗A也为后续诊断方１９和S１９减毒的原因之一,法的建立提供数据保证.
表４ 牛种野毒株毒力基因
Tab．４ VirulencegenesofBrucellaabortusstrains
B．abortusstrains９Ｇ９４１
Genes
BRUAB_RS００５２５BRUAB_RS０１４５５BRUAB_RS０１４８０BRUAB_RS０１５３０BRUAB_RS１５７４０BRUAB_RS０２５４０BRUAB_RS０２６６５BRUAB_RS０３００５BRUAB_RS０３０４０BRUAB_RS０３０４５BRUAB_RS０３０６０
Function
()csＧcclicＧbetaＧ１Ｇ２ＧlucanＧsnthetasegygy(allC)ＧallantoateＧamidohdrolasey()fadD１３ＧfattＧacidＧCoAＧliaseyg
(/fleSflrB)ＧsensorＧboxＧsensorＧhistidineＧkinasey
(vdH)Ｇ２,４ＧdiaminobutrateＧ４ＧtransaminaseＧpy(mm)Ｇhoshomannomutaseppp(hoQ)ＧsensorＧkinaseＧroteinpp
(,wbL)ＧlcoslＧtransferaseＧrouＧ４ＧfamilＧroteinpgyygpyp
(,mrA)ＧtwoＧcomonentＧtranscritionalＧreulatorＧwinedＧhelixＧfamilpppggy(mrB)ＧtwoＧcomonentＧsensorＧkinaseＧMrBppp
()/acSＧsensorＧhistidineＧkinaseresonseＧreulatorＧGacSgpg
１００６
中国人兽共患病学报
(表４续)
()２０１９,３５１１
B．abortusstrainsGenes
BRUAB_RS０４２００BRUAB_RS０４５９５BRUAB_RS０５１５０BRUAB_RS１５７６０BRUAB_RS１５８５０BRUAB_RS０５７５０BRUAB_RS０５９９０BRUAB_RS０６３３０BRUAB_RS０６５３５BRUAB_RS０７１２０BRUAB_RS０７５３０BRUAB_RS０７６８０BRUAB_RS０７７１５BRUAB_RS０７８５０BRUAB_RS０８０４０BRUAB_RS０８５５０BRUAB_RS０８８８５BRUAB_RS０９０３０BRUAB_RS０９３０５BRUAB_RS０９９８５BRUAB_RS１０４６０BRUAB_RS１０９００BRUAB_RS１７１５５BRUAB_RS１１１２５BRUAB_RS１７１７５BRUAB_RS１１７４０BRUAB_RS１３１５５BRUAB_RS１３６６５BRUAB_RS１４１３０BRUAB_RS１４２６０BRUAB_RS１４４００BRUAB_RS１４４６５BRUAB_RS１４４９０BRUAB_RS１４５９０BRUAB_RS１４６１５BRUAB_RS１４６３５BRUAB_RS１４７４０BRUAB_RS１４９７５BRUAB_RS１５３２０
Function
()bscSＧerilasmicＧsoluteＧbindinＧroteinppgp(hasF)ＧABCＧtransorterＧermeasepp(farA)ＧfattＧacidＧresistanceＧroteinＧAyp
(allR)ＧDNAＧbindinＧtranscritionalＧreressorＧAllRgpp()CbuK_０９４５ＧhotheticalＧroteinypp()tufＧelonationＧfactorＧTug
(suC)ＧsuarＧABCＧtransorterＧATPＧbindinＧroteinＧSuCggpgpg
()/hmuSＧCobNmanesiumＧchelataseＧfamilＧroteingyp(/siAroV)ＧRNAＧolmeraseＧsimaＧfactorgppyg()mbtIＧanthranilateＧsnthaseＧcomonentＧIyp(blA)ＧrobableＧoxidoreductasepp
(ddrA)ＧdaunorubicinＧresistanceＧABCＧtransorterＧATPaseＧsubunitp
(()hitB)ＧironIIIＧtransortＧsstemＧermeaseＧroteinＧhFbBpyppp(vceA)ＧutativeＧctolasmicＧroteinpypp(adeF)ＧRNDＧeffluxＧtransorterp(cfcV)ＧreillinＧetidasepppp
(hcnC)ＧhdroenＧcanideＧsnthaseＧHcnCygyy(/essC)ＧFtsKSoIIIEＧfamilＧroteinpyp
)acSＧmultiＧsensorＧhbridＧhistidineＧkinasegy(blA)ＧrobableＧoxidoreductasepp
()YPA_２０６７ＧhistidineＧtransortＧsstemＧermeaseＧroteinＧHisQpypp(entD)ＧENTEROBACTINＧSYNTHETASEＧCOMPONENTＧD(fliG)ＧutativeＧflaellarＧmotorＧswitchＧroteinＧFliGpgp()flIＧflaellarＧPＧrinＧroteinＧFlIgggpg()aJＧautotransorterＧroteinＧYaJypppp
(ddrA)ＧdaunorubicinＧresistanceＧABCＧtransorterＧATPaseＧsubunitp(brC)ＧAraCＧfamilＧtranscritionalＧreulatorpypg(blA)ＧrobableＧoxidoreductasepp(katA)Ｇcatalase
(_)BAbS１９II０５４８０ＧGlcerolＧ３ＧhoshateＧbindinＧerilasmicＧroteinＧrecursoryppgpppp(),cflＧcoronafacicＧacidＧsnthetaseＧliaseＧcomonentygp
(aminoＧacidＧolamineＧoranocationＧAPC)ＧsueorfamilＧroteinpygpyp(adeG)ＧRNDＧfamilＧeffluxＧtransorteryp(blA)ＧrobableＧoxidoreductasepp
(lY)ＧProbableＧsuarＧABCＧtransorterpqgp(,narG)ＧnitrateＧreductaseＧalhaＧsubunitp(oA)ＧhotheticalＧroteinppypp
(ddrA)ＧdaunorubicinＧresistanceＧABCＧtransorterＧATPＧbindinＧsubunitpg(()dhB)ＧPruvateＧdehdroenaseＧlioamidepyygp(aK)ＧautotransorterＧroteinＧYaKypppp
(,adhD)ＧzincＧcontaininＧalcoholＧdehenaseＧNADＧdeendentＧAdhDdrogygp
A１３３３４
_RBAA１３３３４S１０８３０_RBAA１３３３４S１４９４５
１１期王姝懿,等:布鲁氏菌A１９疫苗株全基因组测序及比较基因组学分析
(表４续)
１００７
B．abortusstrainsGenes
_RBAA１３３３４S１１６４０_RBAA１３３３４S１４４７５_RBAA１３３３４S１４７９５_RBAA１３３３４S１３８５０_RBAA１３３３４S１５００５_RBAA１３３３４S１５８９０_RBAA１３３３４S１６０７５_RBAA１３３３４S０１０５５_RBAA１３３３４S０２０６５_RBAA１３３３４S０３０８５_RBAA１３３３４S０３９７０_RBAA１３３３４S０６４８０_RBAA１３３３４S０７０１５_RBAA１３３３４S０７６７５_RBAA１３３３４S０８６４０_RBAA１３３３４S０９５３５_RBAA１３３３４S０９５８０BAB_RS１６９５５BAB_RS１６９７０BAB_RS１７７５０BAB_RS１８１２５BAB_RS１９５９０BAB_RS２０００５BAB_RS２２９４５BAB_RS２４６５０BAB_RS２５３１０BAB_RS２６６６５BAB_RS２７８００BAB_RS２８７４０BAB_RS２９１０５BAB_RS３０１０５BAB_RS３０４７０BAB_RS３１２１０BAB_RS３１３７５BAB_RS３１８２５
Function
(flhB)ＧflaellarＧbiosntheticＧroteinＧFlhBgyp()lnSＧLnSgg
(suC)ＧmaltodextrinＧimortＧATPＧbindingpg(hmuV)ＧheminＧimorterＧATPp()c１４３ＧctochromeＧP４５０ypy()tufＧelonationＧfactorＧTug(hlB)ＧhemolsinＧByy
(//)/badAvombrＧSurfaceＧroteinBartonellaＧadhesinＧBadAＧlikeppp(blA)ＧrobableＧoxidoreductasepp(txR)ＧtranscritionalＧreulatorＧPtxRppg
((),vctC)ＧironIIIＧABCＧtransorterＧATPＧbindinＧroteinpgp(kdtB)ＧlioolsaccharideＧcoreＧbiosnthesisＧroteinppyyp(,wbdA)ＧGlcoslＧtransferaseＧrouＧ１yygp
(htrB)ＧBacterialＧliidＧAＧbiosnthesisＧacltransferasepyy()mlsA１ＧteＧIＧmodularＧolketideＧsnthaseyppyy(wbmC)ＧutativeＧlutamineＧapg
()ETAE_０８８４ＧutativeＧtranslcoslaseＧsinalＧetideＧroteinpgyygppp
２３０８
(ctV)ＧPutativeＧmetalＧcationＧtransorterＧPＧteＧATPaseＧCtVppypp(fbC)ＧironＧutakeＧermeaseＧATPＧbindinＧroteinpppgp(txR)ＧtranscritionalＧreulatorＧPtxRppg
(dhB)ＧruvateＧdehdroenaseＧE１ＧcomonentＧsubunitＧbetappyygp()alcSＧutativeＧdruＧresistanceＧtranslocasepg()l０７６９ＧhotheticalＧroteinpgypp()miＧ５ＧutativeＧcarbonicＧanhdrasegpy
()YPA_２０６７ＧhistidineＧtransortＧsstemＧermeaseＧroteinＧHisQpypp
(btD)ＧridoxalＧhoshateＧdeendentＧenzmeppypppy()virB５ＧattachmentＧmediatinＧroteinＧvirB５gp(suC)ＧsuarＧABCＧtransorterggp
(hitC)ＧironＧutilizationＧATPＧbindinＧroteinＧhFbCgpp(suC)ＧsuarＧABCＧtransorterＧATPＧbindinＧroteinＧSuCggpgpg(/)msrAB(ilB)ＧetideＧmethionineＧsulfoxideＧreductaseppp(),iaH２．５ＧinvasionＧlasmidＧantienＧframentppgg
(()hitB)ＧironIIIＧtransortＧsstemＧermeaseＧroteinＧhFbBpyppp
(suB)ＧsuarＧtransortＧinteralＧmembraneＧroteinＧABCＧtransorterＧSuBggpgppg(/,bhuA)ＧPollenＧallerenＧPoaＧIXPhlＧVIＧCＧterminalgpp
[]
３ 讨 论
目前全基因组测序技术的发展在国内外都十分迅速,为从研究单个基因水平向基因组整体功能等方向上奠定了基础.２００２年１６M羊种布鲁氏菌菌
][]２
,株首次完成测序工作[猪种１牛种２３３０３、３０８、９Ｇ
９４１４也随之公布了基因序列.测序结果显示上述
但无论在蛋白质水平３种菌株具有很高的同源性,
５]
.在我国A还是基因水平都存在异同[１９是防控
６]
,牛布病的重要疫苗[本研究测序A１９全基因组、
对生物信息学及比较基因组学汇总分析.为A１９
１００８理论保障.
中国人兽共患病学报
()２０１９,３５１１
疫苗的后续实验和毒力致弱机制提供了技术支持和
通过测序和组分分析,A１９疫苗株和其它种型
:/DOI１０．３９６９i．ssn．１００２Ｇ２６９４．２０１９．００．１６３j参考文献:
[]Wh１atmoreAM．Currentunderstandinftheeneticdiversitfgogyo
]Brucella,anexandinenusofzoonoticpathoens[J．Infectpggg,::１/GenetEvol２００９,９(６)１１６８Ｇ１１８４．DOI０．１０１６．meeid．jg
５５个tRNA(４１个位于ChrⅠ上,１４个位于ChrⅡ上)和１２个rRNA(８个位于ChrⅠ上,４个位于Chr.而２Ⅱ上)３０８、９Ｇ９４１以及S１９的RNA预测数一致,均为５５个tRNA(４１个位于ChrⅠ上,１４个位于C和９个rhrⅡ上)RNA(６个位于ChrⅠ上,３个
７]
.A相比均具有很高的相似度[１９基因组预测出
[],２DelVecchioVG,KaatralV,RedkarRJetal．ThegenomeseＧp
uenceofthefacultativeintracellularpathoenBrucellaqg]:melitensis[J．ProcNatlAcadSciUSA,２００２,９９(１)４４３Ｇ４４８．
２００９．０７．００１
位于有４０C个位于hrⅡ上)[８]
ChrⅠ.上布鲁氏菌,１０４M的５５个且t有作者推测这７个位于可能是C由hr１于Ⅰ５个位于上,不同３个C位hr于Ⅱ上,RNA的预测软C件hr１R０N个
A
[９]
或Ⅱ上算法导,
致的.
通过因分别不同程度的参与合成和代谢过程COG库注释,得到２５６０个基因,
这些基,如细胞膜合成、能量转化产生、转录、碳水化合物及氨基酸的运输等,这些功能与EGG库,谢A通１９的毒性关联性很大.通过比对K代路富集显著的有氨基酸、膜运转、能量、碳水化合物等,这些重要的功能或富集通路与胞内运输、毒力、基因表达的调控等都有不可或缺的关系.行比较基因组学研究A１９与,８株菌(表明即使近缘关系很近的菌GenBank上公布)进株在核酸水平上也存在一些插入缺失的不同.同时找出牛种毒力基因,为疫苗减毒的研究提供了分析思路.
本研究分析了和毒力因子等特征,A并预测了很多有意义的蛋白质１９疫苗的分子进化、基因结构及相关的致病基因,丰富了布鲁氏菌的基因组的各种数据库.这些信息为疫苗的开发、诊断方法的建立以及后续的实验研究提供分子基础和指导方向.
利益冲突:无
本文引用格式:王姝懿,赵学亮,孙柯,等菌A１９疫苗株全基因组测序及比较基因组学．布鲁分析
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ce,２０１５,６收稿日期:２０１９Ｇ０３Ｇ０６ 编辑:
张智芳r
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