---------------------------------------------------------- 吸光度,absorbance,是指光线通过溶液或某一物质前的入射光强度与该光线通过溶液或物质后的透射光强度比值的对数
DNA 和RNA的纯度可以通过测定260nm,230nm和280nm的紫外吸收值来测定
一般来说OD260代表核酸的吸光度,OD280代表蛋白质的吸光度,OD230代表其他杂质(多糖等)的吸光度
A260/280 比值一度成为判断核酸纯度的唯一通用标准 DNA及RNA纯度的判断根据OD260/OD280的比值判断 DNA的A260/A280应在1.8-2.0之间,
DNA 260/280<1.8说明有蛋白质污染,>2.0说明RNA污染。 样品中如果含有蛋白质及苯酚,A260/A280比值会明显下降。 RNAOD260/OD280的比值应达到2.0,
RNA 260/280<1.8说明有蛋白质、酚的污染,>2.0说明RNA降解
1.蛋白质污染:确保不要吸入中间层及有机相。减少起始样品量,确保裂解完全、彻底。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。如果所得RNA的OD260/OD280比值偏低,则用氯仿重新抽提一次,再沉淀,溶解。
2.苯酚残留:确保不要吸入中间层及有机相。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。
3. RNA污染:建议楼主在提取的DNA中加入RNA酶,然后在测浓度,RNA会干扰DNA浓度,即使是试剂盒也不行的。
4.试验中的所有离心管和PCR管,研钵都要经过高温高压灭菌处理。
1.基因组DNA要结合电泳和测量OD两方面看,单看那个都不准确。
2.基因组DNA提取稍微有拖尾一点,是非常正常的
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RNA及DNA的提取,260/280测定用来鉴定DNA及RNA的纯度。260/280的值在1.8-2.0之间最好。
RNA 260/280<1.8说明有蛋白质、酚的污染,>2.0说明RNA降解
DNA 260/280<1.8说明有蛋白质污染,>2.0说明RNA污染。 =============================== OD值
1. 朗伯——比尔(Lambert-beer)光吸收定律: A=-lgT=εb c
A——吸光度,又称光密度“O.D”。
T——透光度,T=I / I。,I。——为照射到吸收池上的光强,I——为透过吸收池的光强。ε——摩尔吸光系数或克分子吸光系数(L?mol-1?cm-1)。
b——样品光程(cm),通常使用1.0cm 的吸收地,b=1cm。 C——样品浓度(mol/L)。
由上式可以看出:吸光度A与物质的吸光系数“ε”和物质的浓度“C”成正比。
2. DNA和RNA的OD值 2.1 原理
嘌呤碱和嘧啶碱具有共轭双键,使碱基、核苷、核苷酸和核酸在240~290nm的紫外波段有一强烈的吸收峰,因此核酸具有紫外吸收特性。DNA钠盐的紫外吸收在260nm附近有最大吸收值(图3-25),在230nm处为吸收低谷,其吸光率(absorbance)以A260表示,A260是核酸的重要性质,RNA钠盐的吸收曲线与DNA无明显区别,蛋白质在280nm处有最大的吸收峰,盐和小分子则集中在230nm处,对于纯的核酸溶液,测定A260,即可利用核酸的比吸光系数计算溶液中核酸的量,核酸的比吸光系数是指浓度为1μg/mL的核酸水溶液在260nm处的吸光率,天然状态的双链DNA的比吸光系数为0.020,
变性DNA和RNA 的比吸光系数为0.022。据朗波-比尔光吸收定律A=-lgT=εbc知,c=A/εb,而b通常为1cm,所以,通常以1OD值相当于50μg/mL双螺旋DNA,或40μg/mL单螺旋DNA(或RNA),或20μg/mL寡核苷酸计算。
2.2 纯度
DNA 和RNA的纯度可以通过测定260nm,230nm和280nm的紫外吸收值来测定,纯的DNA OD260/280在1.8-1.9,OD260/230应大于2.0,纯的RNA OD260/280在1.9-2.0,如果DNA 比值高于1.8-1.9,可能有RNA没有去除干净,如果DNA比值小于1.8-1.9,可能含有酚或者蛋白质(RNA中含有酚或者蛋白质比值也会降低),若OD260/230小于2.0说明有残存的盐或小分子杂质污染。
2.3 浓度
DNA 和RNA的量,据朗波-比尔光吸收定律A=-lgT=εbc知测量样品的浓度为c=A/εb,又知ε=0.020,在b=1cm的情况下,c=A /(0.020×1)=50×A,则未稀释的样品的浓度为50×A×稀释倍数(μg/mL)=50×A×稀释倍数/1000(mg/mL)
2.4 注意事项:
1) 比色杯应为石英杯,玻璃杯在此波长时读数不准。
2) 检测时应使OD260值在0.15 到1.0之间,数值比较准确。 3) 这种比值测定的方法仅仅适用于核酸浓度大于0.25ul/ml的时候,浓度小于0.25ul/ml 的时候测量误差较大。
4) 既含有RNA又含有蛋白质也可能使比值维持在1.8,这个时候要根据电泳情况鉴定是不是含有RNA,或者测定一下是不是含有蛋白质;
5) A260/A280 比值可提供DNA纯度的一个参考,但A260/A280 比值会受pH影响。如果未调pH,比值可能与实际差别很大。如果需要准确数值,建议在10 mM Tris Cl, pH 8.5中检测,此时纯净的DNA A260/A280比值应为1.8-2.0(注意应使用同样缓冲液作为对照)。
6) 进行OD值测定时,分光光度计上显示的数值为每毫升溶液中的OD值。
7) 可以在220-330 nm 之间进行扫描,此扫描可以检测是否有其它因素影响OD260,如在325 nm 处有吸光值说明有污染物或比色皿不干净。)
8) DNA的量与260 nm处的吸光度值(OD值)成正比,在引物设计时,1个OD值的合成DNA的重
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看OD260/OD280,DNA的合适比值在1.8-2.0之间。 <1.8说明有蛋白质污染。 >2.0说明有RNA。
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OD值为1.8是RNA,OD值为2.0才是纯净的DNA
3.基因组DNA要结合电泳和测量OD两方面看,单看那个都不准确。
4.基因组DNA提取稍微有拖尾一点,是非常正常的,谁有的gDNA就是一条带?哪个能保证在提取的过程中一点都不断?所以这个图除了最下面的可能是RNA降解。这图是没问题的。
.建议楼主在提取的DNA中加入RNA酶,然后在测浓度,RNA会干扰DNA浓度,即使是试剂盒也不行的
2.试验中的所有离心管和PCR管,研钵都要经过高温高压灭菌处理
3.试剂盒也有他的缺点,建议用最普通且实用的CTAB法提取,方法如下:
(1)取材料,加液氮研磨成粉末状,迅速移入1.5 ml Eppendorf管中;
(2)加入800 μl的CTAB提取缓冲液,混匀(CTAB在65℃水浴预热),每5min轻轻震荡几次,20min后12000 r/min,离心15 min;
(3)小心吸取上清液,加入等体积的酚:氯仿(各400μl)溶液,混匀,4℃,12000 r/min,离心10 min;
(4)小心吸取上清液,加入等体积的氯仿,混匀,4℃,12000
r/min,离心10 min。
(5)重复步骤(4)1-2次,以蛋白层不出现为止;
(6)取上清,-20℃沉淀1h,4℃,12000 r/min,离心10 min; (7)弃去上清液,用70%乙醇洗涤沉淀2次;
(8)室温下干燥后(一般干燥5-15 min),溶于30-50 μl DEPC去离子水中,于-20℃或者-70℃下保存备用。
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DNA纯度的判断根据OD260/OD280的比值判断,符合要求纯度高的纯化DNA其OD260/OD280在1.6-1.8之间,低于此范围表明蛋白质含量超标,高于此范围表明样品中含有RNA。
一般机器给出的比值是分子分母同时减OD320所得,你可以自己算一下OD260/OD280,如果在要求的范围内,说明你的OD320偏高,即可能有有机物污染,比如酒精未充分挥发
我要纠正一下,纯DNA的A260/A280应大于1.8,纯的RNA应达到2.0,样品中如果含有蛋白质及苯酚,A260/A280比值会明显下降。对于纯的样品,只要读出260nm的A值即可以算出含量。通常以A值为1相当于50微克/ml双螺旋DNA,或者40微克/ml单链DNA(RNA),或者20微克/ml寡核苷酸计算。
OD260/OD280 1.9-2.0 RNA居多纯度已经很高了
纯DNA:OD260/OD280≈1.8(>1.9,表明有RNA污染;<1.6,表明有蛋白质、酚等污染)
纯RNA:1.7 <OD260/OD280<2.0(<1.7时表明有蛋白质或酚污染;>2.0时表明可能有异硫氰酸残存)
OD 是optical density(光密度)的缩写,OD=1og(1/trans),其中trans为检测物的透光值。吸光度吸光度,absorbance,是指光线通过溶液或某一物质前的入射光强度与该光线通过溶液或物质后的透射光强度比值的对数,影响它的因素有溶剂、浓度、温度等等吸光系数与入射光的波长以及被光通过的物质有关。只要光的波长被固定下来,同一种物质,吸光
系数就不变。当一束光通过一个吸光物质(通常为溶液)时,溶
质吸收了光能,光的强度减弱。吸光度就是用来衡量光被吸收程度的一个物理量。
吸光度用A表示,A=abc,其中a为吸光系数,单位L/(g?cm),b为液层厚度(通常为比色皿的厚度),单位cm ,c为溶液浓度,单位g/L 影响吸光度的因数是b和c。a是与溶质有关的一个常量,温度通过影响c,而影响A。
一般来说OD260代表核酸的吸光度,OD280代表蛋白质的吸光度,OD230代表其他杂质(多糖等)的吸光度。A260/A280与OD260/OD280的意思是一样的。A代表吸光值,而OD是光密度值,一个意思。
A260/280 比值一度成为判断核酸纯度的唯一通用标准,纯的DNA一般在1.8-2.0之间;后来发现在抽提过程中使用的许多试剂影响A260 和A280 读数;同时,对同一样品10 倍数量级稀释后测定吸光值发现,分光光度计的吸光值仅在一定的区域是线性的。结论是:当A260 读数处在0.1-0.5 之间,A200 到A320 之间的数值构成一条光滑的曲线时,
少量苯酚(30 ul/ml) 残留使A230,A260,A280 均变大(差不多增加一倍),但A260/A280 和A260/A230 均在2 左右。少量异硫氰酸胍(132 uM) 残留使A230 变大,但A260,A280 几乎不变,所以A260/A280 仍在2 左右,而A260/A230 大大低于2。大量异硫氰酸胍(2.4 M) 残留使A230,A260,A280 均变大,根本就没有办法测定了。PEG (6.25%) 残留使A230,A260,A280 均变大,但对A230,A260 影响更大,所以A260/A280 比 2 大不少,而A260/A230 仍在2 左右。
核酸抽提中常用的试剂,如Phenol,Guanidine Isothiocyanate,PEG 都能使A260 和A280 的值变大,但是却可能使二者的比值与高纯度核酸的比值一致。因为A260 值几乎是峰值,所以有必要在其两边各取一个:A280 和A230。干净的核酸A260/A230 应该在 2 左右。如果有在230nm处的强吸收提示污染有酚盐离子等有机化合物
1.蛋白质污染:确保不要吸入中间层及有机相。减少起始样品量,
确保裂解完全、彻底。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。如果所得RNA的OD260/OD280比值偏低,则用氯仿重新抽提一次,再沉淀,溶解。
2.苯酚残留:确保不要吸入中间层及有机相。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。
3.多糖或多酚的残留:一些特殊的组织和植物中,多糖、多酚含量较多,这些残留也会导致OD260/OD280比值偏低。因此,从这类材料中提取RNA时,需要注意多糖、多酚杂质的去除。
4.设备限制:测定OD260及OD280数值时,要使OD260读数在0.1-0.5之间。此范围线性最好。用水稀释样品:测OD值时,对照及样品稀释液请使用10mM Tris,pH7.5。用水作为稀释液将导致比值偏低。
比值低可能有蛋白污染,高了可能有DNA污染,建议你抽提的RNA分三管,两管保存,另一管用来跑胶和测定OD,跑胶是最直观的,1%的胶就可以,抽提后马上跑,一般不会降解很多,所以设备材料不需要去酶处理
不会有影响的。你的od比低可能是溶解时用的水的PH值偏酸。可以试着调到8.0左右再测,这样就会上来了。
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