拟南芥花粉表面蛋白基因T—DNA插入突变体的鉴定
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第39卷第2期 2 0 1 0年4月 上海师范大学学报(自然科学版) Joumal of Shanghai Normal University(Natural Sciences) Vo1.39.No.2 Apr.,2 01 0 拟南芥花粉表面蛋白基因T—DNA 插入突变体的鉴定 易素华,张 丞,史志浩,杨仲南,张 森 (上海师范大学生命与环境科学学院,上海200234) 摘要:花粉表面蛋白质(Pollen coat proteins,PCPs)是一类在被子植物进行繁殖生长过程中 起着重要作用的蛋白质.它们参与了花粉与柱头的-/ ̄3,1、黏附、水合等过程,直接影响花粉的萌 发能力.根据已经建立的拟南芥花粉表面蛋白数据库中的信息,从关国拟南芥生物资源中心购 买了有T—DNA插入的SALK株系种子,并对这些株系进行了T—DNA插入位点的鉴定,实验 结果为进一步研究花粉表面蛋白质奠定了基础. 关键词:花粉表面蛋白;拟南芥;SALK株系;T—DNA 中图分类号:Q943.2 文献标识码:A 文章编号:1000—5137(2010)02-0213-06 0 引 言 显花植物授粉是一个复杂的过程,雄配子体与柱头的识别以及与雌配子体的受精过程都受到严 格的调控¨].作为雄配子体胞外的主要结构.花粉壁的组成成分在植物雄配子体与柱头的接触、识别 的过程中相互作用,是决定授粉成功与否的一个重要因素.成熟花粉壁由外壁和内壁构成,外壁主要 由孢粉素构成,能够抵抗不利的外界环境,对保护花粉起重要作用.内壁主要由果胶质和纤维素组 成 ].刚从花药中释放的花粉表面覆盖含油层的物质叫花粉外被(pollen coat),是花粉壁的重要组成 部分.目前普遍认为花粉外被来自于绒毡层的分泌物和绒毡层自身降解的残余物,相对于富含孢粉 素的花粉外壁,花粉外被则含有多种脂类、多糖、类胡萝卜素、类黄酮以及花粉表面蛋白 -4].花粉外 被具有保护作用,防止花粉迅速失水而失活,吸引并辅助昆虫传粉,参与花粉的水合作用,介导花粉 与柱头的识别过程 . 花粉外被中的蛋白质对于花粉柱头的细胞识别过程至关重要,因此了解花粉表面蛋白质的组成是 研究授粉过程中细胞识别分子机理的基础.在拟南芥中,花粉外被中的蛋白质主要包括酯酶,富含甘氨 酸的含油体蛋白,钙离子结合蛋白以及受体激酶的胞外肽段等 J,通常这些蛋白都和信号传导有关, 因此这些蛋白可能在雌雄配子体的识别中起重要作用.目前,遗传分析表明脂质的合成和沉积与花粉粘 附柱头的过程相关,也找到了一些相关突变体 ,但对花粉表面蛋白功能研究并不深入. 为给研究花粉表面蛋白质功能奠定基础,本研究根据已经建立的拟南芥花粉表面蛋白质数据库中 的信息(本实验室未发表结果),从美国拟南芥生物资源中心(Arabidopsis Biological Resource Center: 收稿日期:2009-09-29 基金项目:国家自然科学基金项目(30671127);上海市教委科研创新项目(09YZ168);上海师范大学科研项目 (SK200827). 作者简介:易素华(1985一),女,上海师范大学生命与环境科学学院硕士研究生;张森(1963一),男,上海师范大 学生命与环境科学学院副教授. 通讯作者. 214 上海师范大学学报(自然科学版) 2010焦 ABRC)购买了142个T—DNA插入株系,对其基因型和表型进行了鉴定,获得并证实了94个T—DNA 纯合插入的株系. 1材料与方法 1.1材料 1.1.1植物材料 拟南芥T—DNA插入株系(Columbia生态型)种子购自美国拟南芥生物资源中心(Arabidopsis Bio— logical Resource Center:ABRC),野生型拟南芥(Columbia生态型)种子由本实验室保存. 1.1.2生物学试剂 DNA聚合酶,dNTPs,琼脂糖等常用分子生物学试剂购自北京鼎国生物技术有限公司;引物由In- vitrogen公司合成. 1.2方法 1.2.1材料种植 拟南芥种子在0.1%的琼脂糖中4℃春化2—4 d后培养在黑土:蛭石:珍珠岩(1:6:0.25)的混合土 中.培养时先用营养液PNS把土浇湿,并在其上层罩一层塑料膜以保持湿度,当拟南芥种子萌发出子叶 后去掉塑料膜.16 h光照,8 h黑暗,湿度60%~70%,温度22~25℃,光照强度为50 txEm~・s~. 1.2.2植株总DNA的提取 研磨法提取拟南芥基因组DNA,具体方法参照Zhang等方法 . 1.2.3 DNA的PCR扩增 PCR反应体系:Taq酶0.3 L, 10×PCR buffer 3 ,dNTPs 3 L,模板DNA 1 L,正向引物F l L, 反向引物R 1 txL,无菌水21 ,总体积30 L,混匀后放人PCR仪中进行反应. PCR反应条件:(1)预变性,94℃,5 min;(2)变性,94℃,30 S;(3)退火,62℃,30 s,72℃延伸 70 S(从变性到延伸35个循环);(4)最后的延伸,72℃,10 min.反应结束4℃保存. 1.2.4 PCR产物的检测 检测PCR产物一般利用1.5%的琼脂糖凝胶进行电泳,所用的电泳缓冲溶液为1×TAE,所用的电 压为5 V/cm,用EB进行染色,PCR产物点样量为10 .电泳结果用Tannon GIS凝胶图像处理系统拍 照记录. 1.2.5 PCR引物的设计 每个T—DNA插入株系基因型的鉴定需要三条引物,分别是:IJP,位于基因组上距离T—DNA插入 位点左臂端600 bp处;RP,位于距离T—DNA插入位点右臂端300 bp处;T—DNA左臂端上引物LB1.3 (5 一A,IfIWGccGATITI1cGGAAc一3 ).PCR引物设计参照SIGNAL(http://signa1.salk.edu/tdnaprimers. 2.htm1)相关资料. 2结果分析 2.1 PCR引物设计 如图1所示,当用LP和RP这对引物进行PCR扩增并进行电泳时,在野生型植株(wild type, wT)和杂合子(heterozygous lines,HZ)植株中产生一条PCR产物带,分子量大约是900 bp,而纯合子 (homozygous lines,HM)植株中没有PCR产物形成;当用RP和LB1.3这对引物PCR扩增时,在野生 型植株中没有PCR产物,而在杂合子植株和纯合子植株中均有一条PCR产物带,分子量大小为410 +Nbp. 第2期 易素华,张丞,史志浩,等:拟南芥花粉表面蛋白基因T—DNA插入突变体的鉴定 215 BPos (a)PCR ̄[物设计示意图 fb)电泳结果示意图 来源于http://signa1.salk.edu/tdnapfimers.2.html 图1 PCR引物设计原理 2.2 T—DNA插入位点鉴定结果 T—DNA株系种子种下3—4周后,每个株系取10 株,提取基因组DNA作为模板进行PCR扩增,每个株 系用一个野生型植株基因组DNA作为对照模板.当分 别用LP、RP和RP、LB1.3这两对引物进行PCR扩增 时,根据电泳结果(图2)可判断,除了作为对照的1泳 道,其他相邻的两个泳道中,当有两条分子量分别为 泳道1:LP+RP ̄I物,以野生型DNA为模板扩增作为对照; 泳道2、4、6、8:LP+RPZJ]物,以突变体DNA为模板扩增; 900 bp和410+N bp的PCR产物时,说明该植株在该 泳道3、5、7、9:LP+LBl_3引物,以突变体DNA为模板扩增; 位点有T—DNA插入,而且是杂合子植株(如2和3、6 泳道2和3、4 ̄135、6和7、8:r(I19分别以同一个突变体DNA为模板 和7泳道);当只有一条分子量为410+N bp的PCR 图2电泳结果图 产物时,说明该植株在该位点有T—DNA插入,而且是纯合子植株(如4和5、8和9泳道).通过一系列的 PCR扩增和电泳结果分析,最后,得到了94个纯合体株系(表1),并保存种子. 表1 142个T—DNA株系经过PCR鉴定后获得的94个纯系 基因号 株系的SALK号T—DNA插入位点 基因号 株系的SALK号T—DNA插入位点 AT1 G04410 SALK-054146 +2263,exon AT3G51040 SALK_064824 +1667,exon AT1GO7750 CS847413 +696.exon A13G61177 SALK 046556 +227.exon ATI G08700 SALK-038487C +48.exon AT3G61182 SALK 118287 +112.intron AT1G15415 SALK_o10026 +29,eXOll AT3 G62290 SALK-】30670 +2204,exon AT1G23240 SALK139655C +573,exon AT3G6271O SALK 069100C +1267.exon AT1 G29250 SALK005348 —105.promoter AT4G09795 SALK一135334 +116,intron AT1G49490 SALK004113 +744,exon AT4G10595 SALK_071474 —171,promoter AT1 G60983 SALK_061344 —152,promoter AT4G1 1760 SALK_003342 +723,exon AT1 G60987 SALK_020303 +421,exon AT4G13095 SALK_024731 —407,promoter AT1G61070 SALK一138431C +45,exon AT4G15733 SALK_054229 —266,promoter AT1 G62820 CS800395 +146.exon AT4G19035 SALKO6005 1 +509,intron ATl G65930 CS833601 +38.exon AT4G19905 SALK-046856 +157,intron AT1G70490 SALK 131794 +1157.exon AT4G22105 SALK_035495 —384,promoter AT1G70730 C¥806392 +1670.exon AT4G221 15 SALK_014992 —425,promoter AT1 G73610 CS839694 +335,intmn AT4G27020 SALK 004816C +124.exon AT1 G75880 SALK-D24323C +330.exon AT4G29290 SALK_044553 +56,exon AT1 G75890 SALK121724 0,exon AT4G30074 SALK 105132 +266.intron 216 上海师范大学学报(自然科学版) 续表1 AT1G75920 SALK-057114 +402,exon AT4G30076 CS805496 —179,promoter ATl G75930 SALK020241 C 一84.promoter AT4G33465 CS812738 —197,promoter A,I2Go2150 CS816708 +790.exon AT4G39917 CS843341 —364,promoter AT2G20208 SAKK_052957 —365,promoter AT5GO3690 SALK 124050 +14.exon AT2G22121 SALK-043376 —245,promoter A_r5GO4885 SALK 065081 +120.exon AT2G22345 SALK-092205 —57,promoter AT5GO7460 SALK 106118C +1015.exon AI2G25344 CS840363 +45.exon AT5GO7470 SALK 032823C +1302.exon AT2G28355 SALK_045916C +500.intron AT5G07475 CS824808 +377.intron A12G29O45 SALK一142195 +105,intron A2"5GO7480 SALK 052621 +1957.exon A他G33640 SALK-034833 +1937.exon AT5 G07490 SALK_()67202 —6,promoter AT2G36460 SALK_1 18067 ~143,promoter AT5GO7500 SALK 042365 +87.exon AT2G37620 SALK093023C +998.exon A r5GO7560 SALK 026077 +619.exon A12G41oo0 SALK-049409C +260.exon ATSGO7590 SALK_033771 +198,exon AT2G42100 SALK144931 +450,exon AT5GO7620 SALK-039439 —380,promoter A T2G42170 SALK一143467 +1227,exon AT5G19880 SALK 008455 +86,exon AT2G47470 SALK_097094 ~300,promoter AT5G20940 CS804551 +694.exon A I2G475l0 SALK_080809 +45.exon AT5G38760 SALK 023582 +489.intron AT3G02480 SALK一145341 +682,exon AT5G42223 SALK 088968 +313.exon AT3GO3670 SALK076194 +462.intro AT5G42242 SALK 128316 +324.intr0n A I G07850 SALK_057380 +11 I I.exon AT5G42797 SALK 035691 +26.exon AT3GO8530 SALK151638 +203.exon AT5G45875 SALK 089063 +344.exon AT3G1 l 130 SALK104433 —60,promoter AT5G47030 CS809595 —314,promoter AT3G17940 SALK_050935 +77.exon AT5G47075 CS802594 —25,promoter A33G18780 SALK-048987C +1435.exon AT5G47077 SALK130282 —256,promoter AT3G20997 SALK_034310 ~134,promoter AT5G47175 SALK 069816 +235.exon A I.3G22950 SALK-027975 +399.exon AT5G48543 SALK 046646 +105.intron AT3G23165 SALK_05l119 —50.promoter AT5G61570 Cs814890 +363.exon AT3G25265 SALK_025O43 +314.exon AT5G61590 SALK_015182C +514,exon AT3G46520 SALK_052709C +615.exon AT5G61640 CS801532 +133.exon A113G51030 SALK-o44578 +998,exon A_r5G62242 SALK 123653 +1103.exon 说明:以每个基因序列起始密码子ATG的碱基A作为序列1,位于ATG上游的T—DNA位点记为“一”值,位于ATG下游的T— DNA位点记为“+”值 2.3纯合体株系分析以及基因在拟南芥染色体上的分布 在获得的94个纯合株系基因中有31%(29/94)属于富含半胱氨酸的花粉包被蛋白(pollen coat protein),另有3个富含半胱氨酸的s一位点蛋白.这些蛋白可能参与到花粉和柱头的识别交联过程.此 外,还有一些含油体蛋白及激酶,这些蛋白通常都具有信号传导的功能.然而,所有T—DNA纯合株系的 生殖生长都没有出现可见表型. 利用TAIR(http:∥www.arabidopsis.org/)网站的染色体绘图工具(Chromosome Map Too1),将94个 纯合体株系基因定位在拟南芥5条染色体上(图3).从图3中可以看出,94个基因中有20.2%的基因 分布在第一条染色体上,第二和第四条染色体上均有16.0%的基因分布,且在这两条染色体的短臂上 基本上没有基因分布,第三条染色体上有19.1%的基因分布,而第五条染色体上分布的基因最多,有 28.7%. 第2期 易素华,张丞,史志浩,等:拟南芥花粉表面蛋白基因T—DNA插入突变体的鉴定 217 2 4 5 r2G02l5O 1G044l0 AT5G03690 AT5GO4885 1G07750 AT5GO746O 1G08700 AT5G07470 AT5G07475 AT5G07480 AT5G07490 AT5G07500 1G154l5 AT5G07560 AT4G09795 AT5G07590 AT4G1 0595 AT5G07520 AT4G11760 AT5G1 9880 AT4G13095 IT5G2OO40 lG23240 AT2G20208 AT4G】5733 AT2G22121 5G20O42 1G29250 AT2G22345 蛆'4G19035 AT2G25344 AT4G19905 AT2G28355 A:r4G22105 AT2G29O45 AT4G22ll5 AT4G27020 AT2G3364O AT4G29290 AT2G36460 AT4G30067 4G30074 AT2G37620 AT5G38760 4G33465 A=r2G41000 AT5G42223 AT2G42100 AT5G42242 1G49490 AT2G42170 AT5G42797 AT4G39917 5G42797 AT2G4747O AT5G47030 AT2G4751O AT5G47O75 Ar5( 7O77 AT5G47l75 AT5G48543 1G60983 1G60987 lG61070 1G62820 1G65930 AT5G6l 570 sG61 590 AT5G6l640 粗的竖线1,2,3,4,5表示拟南芥5条染色体,其中白短线表示基因的位置,AT1G04410等数字符号代表纯合体株系的基因号 图3 94个纯合体株系基因在拟南芥5条染色体上的分布情况 3讨论 被子植物双受精的识别是多位点的¨ ,可分为3个层次:花粉与柱头、花粉管与花柱及雌雄配子之 间的识别,任何一个环节出了问题都会导致生殖障碍.花粉与柱头之间的识别是至关重要的一步,花粉 的识别物质主要是蛋白质分子,贮存于花粉的表面.在生物信息学的基础上,利用反向遗传学的方法获 得了94个纯合插入的株系,为进一步了解花粉表面蛋白提供了基础. 虽然这94个株系都是T—DNA纯合插入,但是并没有发现与野生型的表型有差异,这可能有两个 原因:(1)这些株系中被插入的基因很多都是同一个基因家族的,只敲除其中一个基因,该家族中其他 同源基因的表达能够弥补该基因缺失后造成的功能丧失,即存在基因冗余;(2)有些插入植株在正常 的环境下并不表现出突变的表型,如果改变其生长条件,如温度,湿度,光照强度等,有可能发生表型的 改变. 在下一步工作中,通过同一基因家族基因的蛋白质序列的比对,可以找到同源性较高的基因,然后 从遗传分析角度通过构建双突变甚至多突变来研究这些基因的功能.其次,逐一改变培养条件,观察这 218 上海师范大学学报(自然科学版) 2010年 94个纯合株系是否有表型的改变,以研究环境对花粉表面蛋白功能的影响.再次,上述纯合株系的细胞 学发育过程可能存在细微变化,如花粉的表面结构及萌发能力等,这些可以通过扫描电镜及荧光显微镜 进行细致的细胞学观察,以及花粉的体外萌发来进行表型分析. 参考文献: [1] EDLUND A F,SWANSON R,PREUSS D.Pollen and stigma structure and function:the role of diversity in pollination[J]. 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Identification of T—DNA lines for analyzing pollen coat proteins in Arabidopsis thaliana YI Su—hua,ZHANG Chen,SHI Zhi—hao,YANG Zhong—nan,ZHANG Sen (College of Life and Environment Sciences,Shanghai Normal University,Shanghai 200234,China) Abstract:Pollen coat proteins(PCPs)are important proteins involved in Angiosperm reproductive development.These proteins are involved in the processes of recognition,adhesion,and hydration between pollen and stimga,and directly related with pollen germination.In our work,based on the database of Arabidopsis pollen coat proteins we have established,we ordered seeds of T— DNA tagged Arabidopsis thaliana SALK lines from Arabidopsis Biological Resource Center,USA,and identified the T—DNA in- sertion sites in theses lines.These results will set bases for the further study of pollen coat proteins. Key words:pollen coat proteins;Arabidopsis thaliana;SALK lines;T—DNA (责任编辑:郁慧)