法律分析：工程款超过三年，可以起诉。当事人对工程款有纠纷的，可以直接去人民法院提起民事诉讼，请求人民法院作出判决，人民法院应当进行审查，审查后，发现符合起诉条件的，应当准予立案审理，对于超过诉讼时效的案件，被告不提出时效抗辩的，人民法院应当继续对案件进行审理，有提出时效抗辩的，人民法院应当驳回起诉。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。
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