虽然《行政复议法》对于行政复议过程中行政机关主动撤销具体行政行为后将如何处理没有具体规定，但是2007年8月1日起实施的《行政复议法实施条例》第三十九条规定：“行政复议期间被申请人改变原具体行政行为的，不影响行政复议案件的审理。但是，申请人依法撤回行政复议申请的除外。”由此可知，行政复议期间，被申请人若发现其作出的具体行政行为不合法或者不合理，可以改变具体行政行为。这里的“改变”包括撤销原具体行政行为、变更原具体行政行为或者依法履行法定职责等。被申请人改变具体行政行为后，除了申请人依法撤回复议申请外，不影响行政复议案件的审理，即行政复议机关仍可以对原具体行政行为进行合法性和合理性审查。
根据《行政复议法实施条例》第三十九条规定，撤销原行政处罚决定书的行为不影响复议案件的审理，复议机关仍需对原行政处罚行为的合法性、合理性进行审查并作出相应的复议决定。如果行政复议机关经审理后发现该行为不合法应当撤销，考虑到被申请人已经将该行为撤销，则其不宜再作出撤销决定。
在这种情况下，作出确认违法的行政复议决定更为适宜。
从法律上来讲，虽然被申请人在行政复议期间撤销原具体行政行为，原具体行政行为实际上就不存在了，但是该行为产生的法律后果还有可能存在，例如申请人已遭受损失，需要进行国家赔偿等，此时行政复议机关对原具体行政行为继续审理并确认违法，将有利于对申请人合法权益的保护。同时，公民具有申请行政复议的权利，在申请人不撤回复议请求、坚持要求复议的情况下，行政复议机关的继续审理是对申请人救济权的保障。再者，行政复议机关的继续审理有助于发现被申请人在执法中的问题，进而提出意见和建议，这样更有助于发挥行政复议的层级监督功能。
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