公司辞退员工的程序：1.认定员工严重违纪，必须依据合法有效的规章制度，合法有效的规章制度是用人单位辞退违纪员工的重要依据。员工违反了《劳动合同法》第39条的相关规定，用人单位可辞退。2.规章制度只有公示过才能对员工产生法律效力。劳动合同法第四条规定：用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。3.必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。单位必须搜集保存以及有能够证明劳动者严重违反规章制度的证据。4、履行通知工会和本人的程序。劳动合同法第43条规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。5.用人单位还应向劳动者出具《劳动合同法》第50、89条规定的解除劳动合同的证明。该证明的内容应符合《劳动合同法实施条例》第24条的规定，“第二十四条用人单位出具的解除、终止劳动合同的证明，应当写明劳动合同期限、解除或者终止劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限。”
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