员工提出离职申请后，发现自己怀孕没什么影响，因为是员工主动提出离职申请的，即使是孕妇自己主动提出的也可以解除劳动关系。但是怀孕辞退赔偿，公司违法解除劳动合同，还要承担赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿的两倍。如果是劳动者提出辞职，可要求单位支付经济补偿金。
一、离职未结清工资怎么办
在用人单位拖欠工资的情况下，劳动者要先和用人单位协商，如果协商无法解决，则可以通过以下法律途径来解决：
1、向当地劳动保障监察机构投诉举报；
2、向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，需要注意的是，要在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请；
3、通过诉讼途径解决的
二、辞职离职的一般程序：
1、提前1个月提交辞职请求；
2、员工主管与辞职员工积极沟通；
3、辞职申请表经各级领导签署意见审批；
4、员工辞职申请获准，办理离职移交手续。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
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