区别有：管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门；公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门，比如行政部；用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订；公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
《印章治安管理办法》第三条 本办法所称印章指公章和具有法律效力的个人名章。 本办法所称公章是指国家权力、党政机关、司法、参政议事、军队、武警、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的民间组织，居（村）民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定名称章和冠以法定名称的合同、财务、税务、发票等业务专用章。 本办法所称具有法律效力的个人名章是指国家权力、党政、司法、参政议事、军队、武警、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的民间组织，居（村）民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定代表人及其财务部门负责人的名章。
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