39年工龄和40年工龄退休的区别主要在于退休工资的数额不同。
1、因为二者计算的年限不同，所适用的档次也不同；
2、具体需要结合地方的规定，才能予以确定。
办理退休手续的流程如下：
1、在达到国家法定退休年龄前30日前向用人单位或者档案托管部门提出书面申请；
2、向企业职工养老保险结算管理中心、企保中心缴纳社会化管理服务费；
3、申请通过之后，填写相关资料；
4、填完之后，符合条件的发放退休证。
办理退休条件如下：
1、特殊工种提前退休审批条件。从事井下、高空、高温、特别繁重体力劳动和其他有害身体健康的工种，符合国家、省有关提前退休条件的，男年满55周岁、女年满45周岁；在高空和特别繁重体力劳动岗位工作累计满10年，在井下和高温岗位工作累计满9年，在其他有害身体健康岗位工作累计满8年；
2、病退条件。办理病退，须提供有地级以上市劳动能力鉴定委员会出具的“因病或非因工致残完全丧失劳动能力”鉴定结论，男年满50周岁、女年满45周岁；
3、政策性提前退休条件。符合文件规定的国有破产工业企业、距法定退休年龄不足5年。
综上所述，工龄39年和40年的区别是劳动者在退休时，国家发给的退休金数额不同。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第十五条
基本养老金由统筹养老金和个人账户养老金组成。
基本养老金根据个人累计缴费年限、缴费工资、当地职工平均工资、个人账户金额、城镇人口平均预期寿命等因素确定。
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