药品专利申请要经过以下程序：
1、提出专利申请；
2、国务院专利行政部门受理申请；
3、自申请日起十八个月内完成初审，并即行公布；
4、实质审查，且应当自申请日起三年内进行；
5、专利授权，发给发明专利证书。
【法律依据】
《专利法》第二十六条
申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
第三十四条
国务院专利行政部门收到发明专利申请后，经初步审查认为符合本法要求的，自申请日起满十八个月，即行公布。国务院专利行政部门可以根据申请人的请求早日公布其申请。
第三十五条
发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。
第三十九条
发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。
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