备案食品安全企业标准的部门是国务院卫生行政部门。法律规定，食品安全国家标准由国务院卫生行政部门公布制定。没有食品安全国家标准或者地方标准的企业标准；严于食品安全国家标准或者地方标准的企业标准。
《中华人民共和国食品安全法》第二十一条 食品安全风险评估结果是制定、修订食品安全标准和实施食品安全监督管理的科学依据。经食品安全风险评估，得出食品、食品添加剂、食品相关产品不安全结论的，国务院食品安全监督管理等部门应当依据各自职责立即向社会公告，告知消费者停止食用或者使用，并采取相应措施，确保该食品、食品添加剂、食品相关产品停止生产经营；需要制定、修订相关食品安全国家标准的，国务院卫生行政部门应当会同国务院食品安全监督管理部门立即制定、修订。
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