甲方不付工程款的处理方式是，有约定的按约定处理；没有约定的协议优先；协商不成的可以选择调解或诉讼；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。法律其他规定等。
一、合同纠纷解决方式及有什么优缺点
合同争议的解决方式有四种：和解、调解、仲裁和诉讼。
其中，和解和调解并非解决合同争议必经的程序，即使合同当事人在合同争议条款中作了相应的规定，当事人也可不经协商和解或调解而直接申请仲裁或提起诉讼。故选择仲裁还是诉讼解决合同争议是订立合同争议条款要解决的一个重要问题。
仲裁指双方当事人根据有效的仲裁协议，将纠纷提交给仲裁机构进行处理的一种争议解决方式。仲裁协议一旦依法成立，当事人不得再就争议事项向法院提起诉讼。同诉讼相比，仲裁具有快速、便捷、高度保密、裁决便于执行、能够充分体现双方当事人的意思自治，有利于维持和发展争议双方之间的商事关系等特点。
诉讼是解决合同争议中使用得最多的纠纷解决方式。它是一种强制管辖，假若合同中没有有效的仲裁条款，也没有另外达成有效的仲裁协议，即使合同中没有约定诉讼，当事人仍有权就该合同争议向人民法院起诉。我国诉讼制度比较仲裁制度而言具有程序严格、公正、对当事人的诉权保障全面、法官审判经验丰富等特点。
二、仲裁法律规定无效的情形有哪些
仲裁条款无效情形：
1、约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的。
2、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议。
3、一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
4、以口头方式订立的仲裁协议无效。
5、仲裁协议对仲裁事项没有约定或约定不明确，或者仲裁协议对仲裁委员会没有约定或者约定不明确，当事人对此又达不成补充协议的，仲裁协议无效。
6、无法实现的仲裁协议。有的仲裁协议规定，争议发生后，提交中国仲裁机构依照美国仲裁协会的仲裁规则进行仲裁，这种协议是无效的。
7、选择的仲裁机构不存在的，仲裁协议无效。
8、仲裁终局性不确定的仲裁协议。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第四百七十条
合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
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