一户有两个土地使用证是不合法的。一户只能对应一个土地使用证。农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法实施条例》 第四条 土地调查应当包括下列内容： （一）土地权属以及变化情况； （二）土地利用现状以及变化情况； （三）土地条件。 全国土地调查成果，报国务院批准后向社会公布。地方土地调查成果，经本级人民政府审核，报上一级人民政府批准后向社会公布。全国土地调查成果公布后，县级以上地方人民政府方可自上而下逐级依次公布本行政区域的土地调查成果。 土地调查成果是编制国土空间规划以及自然资源管理、保护和利用的重要依据。 土地调查技术规程由国务院自然资源主管部门会同有关部门制定。
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