集体土地所有权消灭的原因有两个：一是因实施法律和国策而消灭，有三种情况：第一，法律规定归国有。82年宪法规定城市市区的土地为国有，使国家通过制定法律手段获取了城市市区农民集体土地所有权。第二，实施土地征收。为了建设需要国家通过法律程序征收集体所有的土地，使集体丧失了该土地的所有权。第三，依法拍卖土地。集体建设用地因偿还债务、设定抵押等原因，经法院判决后没有履行给付义务将土地拍卖，使该集体丧失该部分土地所有权。二是因所有权主体分立或合并而消灭。土地所有权人的分立与合并，必然带来土地所有权的变更，从而导致旧的土地所有权主体土地所有权的丧失。农民集体经济组织的合并或分立必须是在自愿原则下进行，由于合并或分立土地权属发生转移，转移后所有权法律属性不会改变，即原为农民集体所有转移后仍为农民集体所有。旧的土地所有权人消灭了，新的土地所有权人也产生了，土地所有权从一个权利主体转移给了另一个权利主体，因而，土地所有权权利主体的合并与分立也是集体土地所有权取得的重要方式。
《中华人民共和国土地管理法》第十二条 土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。 依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。 《中华人民共和国土地管理法》第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。 单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。 当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。 在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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