工资和年终奖个人所得税是分开扣税的。
      获得全年一次性年终奖金及12月当月工资时,个所税申报申报时,年终奖应选用税率和速算扣除数计算征税,并参考当月工资数,具体如下:
      1、发放年终奖的当月工资高于5000元时,年终奖扣税方式为:年终奖*税率-速算扣除数,税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
      2、当月工资低于5000元时,年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数,税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
      不为一次性奖金,应该合并到当月工资额中按照工资、薪金计算。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》第三条、第六条规定《个人所得税代扣代缴暂行办法》第四条
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