工资分两张卡发是否违法需要根据具体情况。公司给员工办两张工资卡，通常是不存在偷税漏税的情况，因为个人所得税的计算并不是根据向卡里打了多少钱来计算，而是按照工资性收入的总和来进行计算。若单位跟员工签定相关协议明确工资分两次在固定时间发放的情况下属于有效的，若单位发放工资的时间与签订合同时间不同的情况下就属于违法行为。
工资纠纷应该如何去？
1、电话投诉到当地劳动执法监察大队，他们会依法对用人单位进行监督检查，并责令其支付拖欠的工资。
2、依据《劳动合同法》的规定，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令 ，人民法院应当依法发出支付令。
3、直接到当地劳动行政部门 申请劳动仲裁，通过劳动仲裁下达的裁决书，向单位索赔，如果还不赔，可申请 法院强制执行。
4、如果劳动仲裁不予受理或者仲裁不公，还可以在15天内向法院提起民事诉讼，直接通过法院判决执行。
5、按上述途径索取工资的同时，还可依据劳动合同法的规定，要求单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准加付赔偿金。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》
第六条
个人所得税法规定的各项个人所得的范围：工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
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