miRNA相关分析网站

miRNA相关分析网站

集团企业公司编码：（LL3698-KKI1269-TM2483-LUI12689-ITT289-

m1

iR.

Nm

A数i

据R

库及B

靶a

基因s

分e

析软:

件 ?

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜2

索.

已m知i的

Rm

ie

RcN

Ao

和r靶d标

信s

息:

。 ?

动物mi的靶相互作用的数据库,包括人工收集实验验证的,预测的miRNA的

靶

目

标

.

靶

标

预

测

工

具

D

I

A

N

A

-

microT,MicroInspector,miRanda,MirTarget2,miTarget,NBmiRTar,PicTar,PITA,RNA22,RNAhybrid,andTargetScan/TargertScanS. 3

.

P

M

R

D

:

PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的4

关.于

植C

物o

m

iG

c

re

o

RM

N

Ai

的R

数

:据

。 ?

CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于定位、保守性和表达谱方5

.

M面i

c

的r

o

R

信N

A

d息

b

:

。 ?

MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。 6

.

m

i

R

W

a

l

k

:

?

miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其上的结位点。 7

.

T

a

r

B

a

s

e

:

?

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因

中

的

对

的

miRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。

和不对的。

miRGen是一个整合型数据库,包括：(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因

miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组

Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。

ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达1

情

况3

，

病.

毒

感A

染

的S

组

织R

等

。 P 。 。

ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他

实

验

室

分

离得到的。

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。

miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库，搜集，整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据，它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。

自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.

abioinformaticwebinterfaceabletocustomanalyzedeepsequencingdatatostudymiRNAvariantsorisomiRs.FromGeneticCausesofDiseaseGroup,GenesandDiseaseProgram,CentreforGenomicRegulation(CRG),PompeuFabraUniversity,Barcelona,Catalonia,Spain. 1

8

.

W

M

D

3

:

?

WMD3designsartificialmicroRNAs(amiRNAs).The21meramiRNA21merscanspecificallysilencegsingleormultiplegenesofinterestinmorethan90plants.FromMaxPlanckInstituteforDevelopmentalBiology,72076Tübing

e

n

,

G

e

rmany.

TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7

m

e

r

位

点

来

miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。 2

1

.

P

i

c

T

a

r

:

?

预

测

靶

基

因

。

icTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标(例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA)。

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.

microInspector提供miRNA结合位点的预测。 2

4

.

T

r

i

p

l

e

t

S

V

M

:

?

TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真2

正5

的.

mT

irR

Na

An

前s体m物

i的

R程

序:

. ?

TransmiR是关于转录因子的microRNA调节的数据库，对于用于学术研究室

免

费

miR2Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相2

关7

的

.m

iS

c-r

oM

R

NE

AD

信

:息

. ?

的

。

S-MED(肉瘤microRNA表达数据库)是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。

植2

物6

.m

di

ec

re

op

RB

Na

As

数e

据：

库 ?

deepBase从新一代测序技术(深度测序技术，deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA，piRNA，siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表

达

模

式

。

30.starBase：?

starBase从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradomesequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨3

1

.

P

I

microRNAT

A

的靶标 :

?

PITA基于靶位点的可接性(target-siteaccessibility)预测microRNA的靶

标

RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。 3

3

.

m

i

R

T

a

r

B

a

s

e

: 。

一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 3

4

.

m

i

R

a

n

d

a

：

?

miRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算法相似，但它以碱基互补(如A=U,G≡C等)代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵，允许G=U错配，为了体现miRNA3’端和5’端和靶基因作用过程中的不

对称性，软件给出了scale参数(5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱基得分值相加作为碱基互补得分)。同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5(L为miRNA总长)位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配3

5

.不D

I

A得N

A

-多m

i

c于r

o

两T

：

?个网

站

。 无

DIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。和miRanda预测结果中可能出现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点而丢掉了miRNA调控单个靶位点不同的是，DIANA-microT考虑了miRNA调控单个靶位点的情况。DIANA-microT预测算法基于以下两点来判别miRNA靶基因：①miRNA和靶基因间的高亲和力，主要通过结合能来衡量。②影响miRNA和靶基因所形成二聚体茎环结构环部位置和环大小的miRNA相关蛋白可能指导m3

i6R.N

AR

和N

靶A

基h

因y

的b

相r

互i

作d

用：

。 ?

RNAhybrid是BehmsmeierM等基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂度也相应增加，但RNAhybrid和其它RNA二级结构预测软件诸如mfold,RNAfold,RNAcofold

和pairfold相比，仍具有明显的速度优势。此外，RNAhybrid允许用户自定义自由能阈值及p值，也允许用户设置杂交位点的偏向，如杂交位点必须包含

miRNA5’端

2-7nt

等。