校本课程开发可以像语文、数学一样以系统知识为主，以长周期、教师讲解为主。而目前大部分学校开发的校本课程都是短期的，以研究性学习和开放性学习为主，在性质和形式上与综合实践活动课都非常相似，所以造成了校本课程就是综合实践活动课，综合实践活动课就是校本课程的印象。
校本课程与综合实践活动的区别，可以从以下三个方面来看：
一是权限上
综合实践活动课是国家规定的必修课程，校本课程则是学校自主开发设计的课程。
二是从设计上来讲
综合实践活动课是达到国家规定基本教育目标的课程，特别强调学生基本学习能力的培养，校本课程也考虑学生的个性发展，但更考虑学校办学理念和学校特色；
三是设计过程上不一样
综合实践活动课是根据国情来设计的，校本课程是学校层面根据学校办学理念与学校实际开发与设计的。
在实施上，综合实践活动课依赖于学校开发，也依赖于地方管理。