法律分析：保险合同中通常都会规定重疾险的保障范围和保障期限，但对于染色体异常是否会影响保障期限的规定并不明确。保险公司可以根据险种和保险条款规定来处理理赔事宜。
法律依据：
1.《保险法》第十三条：保险合同应当遵循自愿、平等、诚信、公平的原则，明确保险费、保险责任和保险期间等主要条款。
2.《保险法》第四十五条：保险人应当按照约定承担赔偿责任。
3.《中华人民共和国合同法》第七十一条：当事人违反合同约定或者未履行合同义务，给对方造成损失的，应当承担损害赔偿责任。
因此，对于染色体异常是否会影响重疾险的保障期限，应当根据具体的保险合同条款和险种来判断，保险公司应当按照合同约定承担相应的赔偿责任。