法律分析：
机构性质区别。交通运输局是行政机关，在编人员使用行政编制即公务员。公路局在2018年党政机构改革前多数为参照公务员管理事业单位，改革后除少数保留参公或转行政外，其余绝大多数公路局均剥离行政职责转公益类事业单位，更名为“公路事业发展中心”，不再保留“事业局”列入公务员法管理，原有人员保留参公身份和待遇过渡消化，新录用人员全部按照新的三定使用普通事业编制，不再通过公务员考试招录，改由事业单位统考进人。一个是公务员，一个是事业编。
法律依据：
《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》
第九条 地方各级人民政府行政机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由本级人民政府提出方案，经上一级人民政府机构编制管理机关审核后，报上一级人民政府批准；其中，县级以上地方各级人民政府行政机构的设立、撤销或者合并，还应当依法报本级人民代表大会常务委员会备案。
第十条 地方各级人民政府行政机构职责相同或者相近的，原则上由一个行政机构承担。行政机构之间对职责划分有异议的，应当主动协商解决。协商一致的，报本级人民政府机构编制管理机关备案；协商不一致的，应当提请本级人民政府机构编制管理机关提出协调意见，由机构编制管理机关报本级人民政府决定。
第十一条 地方各级人民政府设立议事协调机构，应当严格控制；可以交由现有机构承担职能的或者由现有机构进行协调可以解决问题的，不另设立议事协调机构。为办理一定时期内某项特定工作设立的议事协调机构，应当明确规定其撤销的条件和期限。
第十二条 县级以上地方各级人民政府的议事协调机构不单独设立办事机构，具体工作由有关的行政机构承担。
第十三条 地方各级人民政府行政机构根据工作需要和精干的原则，设立必要的内设机构。县级以上地方各级人民政府行政机构的内设机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由该行政机构报本级人民政府机构编制管理机关审批。