主任科员是正科级，属于非领导职务，所以职责略低于科长、乡长、镇长等领导职务的正科级领导职务。职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。各省职务工资规定不同，一般同一年参加工作的正科级领导职务和非领导职务的职务工资相差30至100元不等。
正科级指国家公职人员的行政职务级别，是最基层的领导层级。国家部级机关下设司局级、县处级、科级等层级。地方政府省、自治区下设地市级、县区级、乡镇（街道）级等，其中乡镇（街道）级与国家机关科级为平级单位。同时，有些企业的管理部门也按处、科等称谓设置，但其并不对应相应的行政级别，也与国家机关或政府部门的相应职位的待遇无关。有的机关（行政级别较高的）部门中，不担任领导职务的在县乡等基层，一般是副科级领导干部卸任领导职务的同时，提升为主任科员，然后等待退休。而在省以上机关，主任科员一般是担任更高级职务之前的一个台阶，在此基础上可以提升为正科级领导职务，也可以提升为副处级职务。职员，按行政级别，享受正科级待遇，通常也被任命为主任科员（或副主任科员）
提升主任科员，一般要求任副科级职务三年以上。考核合格的新录用公务员，按以下规定任职定级：
（一）直接从各类学校毕业生中录用的、没有工作经历的公务员：高中和中专毕业生，任命为办事员，定为二十七级；大学专科毕业生，任命为科员，定为二十六级；大学本科毕业生、获得双学士学位的大学本科毕业生（含学制为六年以上的大学本科毕业生）、研究生班毕业和未获得硕士学位的研究生，任命为科员，定为二十五级；获得硕士学位的研究生，任命为副主任科员，定为二十四级；获得博士学位的研究生，任命为主任科员，定为二十二级。
法律依据：
《中华人民共和国公务员法》第十六条规定：公务员职务分为领导职务和非领导职务。领导职务层次分为：国家级正职、国家级副职、省部级正职、省部级副职、厅局级正职、厅局级副职、县处级正职、县处级副职、乡科级正职、乡科级副职。” 第十七条规定：综合管理类的领导职务根据宪法、有关法律、职务层次和机构规格设置确定。综合管理类的非领导职务分为：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。综合管理类以外其他职位类别公务员的职务序列，根据本法由国家另行规定。