口腔溃疡的治疗原则应包括两个主要方面：
（1）局部使用药物治疗。主要在于防止继发感染，减轻疼痛，促进愈合，以达到缩短疗程的目的。药物剂型为溶液或散剂。常用5%达克罗宁局部涂搽，以起到止痛作用，用复方硼酸溶液及5%的洗必太含漱、溶菌酶含片，消炎药膜和各种中成药散剂可起到消炎防腐作用。
（2）全身治疗。适用于复发频繁而少间症状突出的各型RAU。其主要目的在于防止复发，可试用免疫反应抑制药和提高免疫系统功能作用的药物进行治疗。
免疫抑制剂类药物：如糖皮质类固醇，常用强的松每日15-40毫克分3次服。对于中长疗程可采用隔日疗法，即将两日的总剂量合并于上午一次顿服，可减少副反应及其对代谢的影响。
另外，细胞毒类药物具有非特异性抗炎作用，临床上常与糖皮质类固醇合用。较多用的为硫唑嘌呤，每次20-50毫克，每日2次，疗程为1-2周。细胞毒类药物对于增殖活跃的淋巴细胞具较强毒性，但对已分化成熟的浆细胞式致敏的小淋巴细胞则作用不明显，因此，当疗程不明显或病情转剧时应停用。