口腔溃疡的病因主要有以下几个方面：
精神压力大。临床上最常见的诱因是：长期感到压力大，精神紧张、波动，经常有疲劳感、睡眠不足。
免疫紊乱。任何会引起免疫功能紊乱的因素，都可能诱发口腔溃疡。
内分泌改变。如女性在月经前后，口腔溃疡就易复发；更年期妇女也有病损增多的现象。而怀孕后，有些女性的复发性口腔溃疡就会好转。
意外受伤。使用做工粗糙的假牙套、牙刷，吃太烫的食物或不小心咬了自己一口，都可能成为诱因，占患者的38%。
营养缺乏。尤其是缺乏铁和B族维生素。此外，爱吃辛辣、刺激性食物，爱吃酸或偏食的人，也更容易被溃疡缠上。
遗传诱因。遗传也是一个突出诱因。父母中一方曾患此病，其子女得病的几率是35%―40%。
十二烷基硫酸钠。牙膏和漱口水含有十二烷基硫酸钠，刷牙时的白色泡沫就是由它产生的。研究表明，这种化学成分会破坏口腔的保护层“黏液素”，增加口腔溃疡风险。
消化系统疾病。慢性胃炎、胃溃疡、肠炎、便秘，以及药物治疗不当、环境污染等都是比较明确的致病原因。