自二道海上行至景区的最深处，有一棵古松，松下是一座温泉，名叫珍珠湖，又名煮珠湖，相传是九天仙女在这里煮珠炼泉所营造出的祛病沐浴池。这里水温较高，即便是大雪冰封的严冬时节，水温也在25℃左右。池边硫磺气味浓烈，常有人在此沐浴，据说能医治皮肤百病。
黄龙矿泉水出露于牟尼沟景区。流量0.58升/秒，水温9.5～9.8℃，pH值6.3，矿化度1159毫克/升，含硫(H2S)0.16毫升/升。经国家有关部门鉴定，为锶、二氧化碳优质天然饮用矿泉水。
牟尼沟景色不逊九寨沟哟。因为其民族风情更浓，集九寨沟和黄龙之美于一身，却比九寨沟更为清静，尤其其冬季不会结冰，即使大雪纷纷，仍然可以进入，当然需要当地向导。
牟尼沟现有两大景观：扎嘎瀑布，二道海。此外较大的陷落湖有：明镜 海、天鹅湖、犀牛海等。
天鹅湖，是进入二道海景区的第一个湖泊，面积约1.33万平方米，水色深蓝，因常有野鸭、天鹅凫游其中得名。
百花海，距天鹅湖80米，湖水面积1.68万平方米，是沟内最大的一个湖泊，湖水静碧，倒映山峰绿树，因夏秋水面浮生大量水草小花得名。
犀牛海，传说湖中出现犀牛而得名，是由36个环环相套的湖中湖组成的巨大湖群，长85米，宽80米;其中面积最宽的犀牛海长30来，宽40米。湖底呈撮箕形，水深18.5米，水色湛蓝。犀牛海下游湖堤发育一系列钙化溶陷洞穴，左侧有一洞延伸方向为南30”，东斜井状，坡度20一25度;高3一4米，宽15米，深20米;底部有椭圆形小厅堂，面积30平方米。其北侧有一平台，南侧为北西——东向溶陷沟，沟口和洞中有一天窗，洞壁遍生钟乳石花。