在自家院子搭建活动板房是水域违章建筑的,即便有土地所有证,也应按照土地所有权证所规划的要求进行建设,否则属于违章建筑。
法律依据:
《中华人民共和国城乡规划法》 第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规章进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正举措消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正举措消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。