澜沧江—湄公河丰富的鱼类资源中包括目前已经高度濒危的鲶鱼(pangasianodongigas)，伊洛瓦底江豚(Orcaellabrevirostris)，以及其他极具商业价值的常见鱼类：倒刺鱼、淡水鲨、黄貂鱼、面瓜鱼、红尾巴鱼等。除此之外，该流域还有其它丰富的水生物种(例如暹逻鳄、淡水龟、蚌类等)以及大量以鱼类为生的水鸟。区域内大部分人直接或间接地以鱼类资源赖以为生，同时鱼类资源也是增加家庭收入的主要来源。以柬埔寨为例，全国人民80%以上的蛋白质摄入都来自湄公河的鱼类资源。在老挝，全国GDp的13%来自湄公河的鱼类资源