1、两者处理纠纷的机构不同。
仲裁由当地仲裁委受理，其监督机构是中国仲裁协会;诉讼由法院受理，监督机构是检察院。
2、一旦合同双方约定选择仲裁解决合同纠纷，就不能到法院再进行诉讼。
3、仲裁按照自愿原则，诉讼则不以另一方意志为转移。
4、受案范围不同，仲裁只能受理平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，而法院则可以受理各类纠纷。
5、程序不同，仲裁是一裁终局制，申请撤销时法院一般不再从实体进行审查，如程序中有明显错误时可以撤销;诉讼如对一审不服还可以上诉，二审不服可在二年内申请再审。
6、仲裁庭审理案件通常案情不公开，裁决不公开;人民法院实行案件公开审理原则，但依法不应公开审理的除外。
对于经济纠纷，我国法律制度中规定的诉讼时效是三年，但并没有规定过经济纠纷必须要通过仲裁处理，事实上，经济纠纷申请仲裁是有严格的条件限制的，需要有仲裁协议，如果没有仲裁协议，仲裁委员会不会受理当事人的仲裁申请。
一、经济纠纷有哪些解决方式？
1、仲裁与民事诉讼是两种不同的争议解决方式。当事人发生争议只能在仲裁或者民事诉讼两种方式中选择一种解决方式。有效的仲裁协议可排除法院的管辖权。只有在没有仲裁协议或者仲裁协议无效，或者当事人放弃仲裁协议的情况下，法院才可以行使管辖权，这在法律上称为或裁或审原则。
仲裁法的适用范围是平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷或其他财产纠纷。与人身有关的纠纷，不适用仲裁法，具有行政管理关系的劳动争议以及农业承包合同发生纠纷可以由法律规定的组织仲裁，但不由仲裁法调整。
根据《仲裁法》的规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产纠纷可以仲裁，而对于婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷和依法应当由行政机关处理的行政争议则不能仲裁。
2、行政复议与行政诉讼方式的选择则与纠纷的性质有关。根据法律的不同规定，有的可以直接向法院起诉，也可以先申请行政复议，对行政复议决定不服时再起诉；有的则只能先申请行政复议，对行政复议决定不服才能提起行政诉讼；还有的则只能通过行政复议的方式解决，由行政机关对纠纷作出最终裁决。