分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向分公司的公司登记机关申请注销登记。公司的分公司注销登记审核程序及期限，参照公司注销登记程序。
一、分公司注销登记需要提交什么材料
(1)公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》；
(2)公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
(3)公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
(4)分公司的《营业执照》正、副本。
(5)分公司完税证明。您所说的“税务系统中好象还处于非正常状态”如是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。
(6)分公司如单独开设有银行账户的，还需提交银行清户证明。
(7)分公司公章。
二、分公司注销流程的具体流程是怎样的
(1)注销登记在所属工商登记机关办理。如在于洪区登记的，请到于洪区行政审批服务中心大厅的工商登记窗口办理。首先持分公司营业执照副本，到工商登记窗口进行注销登记的相关事项咨询，领取《分公司注销登记申请书》、《指定代表或者共同委托代理人的证明》。
(2)准备注销登记的相关材料。因为分公司不具备法人资格，注销登记材料应由所属公司做出决定并签署准备出具相关材料。材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明“与原件一致”并由公司加盖公章。
(3)材料准备完成后，向工商登记机关提交，在提交材料齐全、合法、有效的前提下，注销登记2个工作日内完成。
(4)注销登记不收取任何费用。