分公司注销在公司登记机关备案。公司登记机关即分公司住所地所在的工商行政管理机关。另外，分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
法律依据：
《中华人民共和国公司登记管理条例》
第四条 工商行政管理机关是公司登记机关。下级公司登记机关在上级公司登记机关的领导下开展公司登记工作。
第四十九条 分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。