《本草纲目》曾被《物种起源》引用来说明动物的人工选择问题。《物种起源》不仅开创了生物学发展史上的新纪元,使进化论思想渗透到自然科学的各个领域,而且引起了整个人类思想的巨大革命,在世界历史进程中有着广泛和深远的影响。《本草纲目》版本颇多,除国外各种全译或节译本外,国内现存约七十二种,大致可分为“一祖三系”,即祖本(金陵本、摄元堂本)及江西本、钱本、张本三个系统。
本书刊行后,促进了本草学的进一步发展,倪朱谟的《本草汇言》、赵学敏的《本草纲目拾遗》、黄宫绣的《本草求真》等,均是在其学说启示下而著成的本草典籍。达尔文(Chrles Robert Darwin)在其著作中亦多次引用本书的资料,并称之为“古代中国百科全书”。英国李约瑟( Joseph Needham)称赞李时珍为“药物学界中之王子”。