可以从以下几个方面的措施出发来开展信息时代我国企业内部控制制度存在问题的应对工作：
(一)强化企业信息系统的安全性
信息系统的应用，不仅带来了企业工作效率的提高，而且也带来了企业生产经营风险的增加。企业管理系统中的数据在局域网内可查，即使是在互联网上也有部分可查，唯一的办法就是通过用户有效口令和准入许可，但是互联网的安全问题目前仍然没有得到彻底的解决。信息系统安全性的保障，可以使得企图盗取和篡改企业数据的不法分子没有可乘之机。当然这也对企业的会计工作人员提出了更高的要求，企业的财务会计从业人员不但要业务精通，而且还要熟悉现代化的会计处理手段，这就更有利于保证数据的可靠与准确。
(二)不断完善信息化环境下的企业内部控制制度
企业内部控制制度的设计可能存在一定的疏漏之处、不能有效防范错误与舞弊，或者内部控制的运行存在弱点和偏差、不能及时发现并纠正错误与舞弊等情形，内部控制利用全面信息化环境强大的信息系统来收集、整理、分析、评价各种信息，并在企业内部实时传递信息，分析内部控制缺陷产生的原因，并有针对性地提出和实施改进方案，引导企业员工行为的优化，激励员工努力工作，不断健全和完善企业内部控制，实现企业价值的最大化。
(三)构建行之有效的企业内部审计体系
内部审计，指的是建立于组织内部、服务于管理部门的一种独立的检查、监督和评价活动，它不仅可以用于对内部牵制制度的充分性和有效性进行检查、监督和评价，还可以用于对会计及相关信息的真实、合法、完整，对资产的安全、完整，对企业自身经营业绩、经营合规性进行检查、监督和评价。内部审计是会计内部控制的重要环节，它是内部控制一个组成部分，也是外部审计的一个重要补充。企业内部设置的审计部门，应当明确其职责目标，使其保持充分的独立性，保持应有的专业怀疑和判断能力。