法律分析：一、因老板原因耽误项目扣员工奖金合法吗
1、依据我国相关法律的规定，因老板原因耽误了工程，用人单位扣员工奖金是违法的，劳动者可以向劳动部门投诉或者申请劳动仲裁。
2、《中华人民共和国劳动法》
第七十九条劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
二、什么情况下可以扣工资
1、代扣工资情形
劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税；
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用；
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
2、扣工资赔偿损失情形
该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。
3、法定扣工资情形
此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：(1)国家法律、法规中有明确规定的；(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的；(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准；
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第七十九条劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。