航空运输电子客票行程单抵扣的流程如下：
1、确认购票信息：购票人需要确认购票信息无误，包括机票信息、购票金额、发票信息等；
2、保存行程单和发票：购票人需要妥善保存好行程单和发票，以备后续报销使用；
3、登录报销系统：购票人需要登录公司或个人的报销系统，进入报销页面，选择“机票报销”或者“差旅费报销”等相关选项；
4、上传购票凭证：在报销页面，购票人需要上传行程单和发票等购票凭证；
5、填写报销信息：在报销页面，购票人需要填写相关的报销信息，包括报销金额、报销事由等；
6、提交报销申请：填写完毕后，购票人需要提交报销申请，等待审批；
7、审批通过后报销：报销申请被审批通过后，购票人可以凭借审批通过的报销单据到财务部门进行报销操作。
航空运输电子客票行程单抵扣的材料：
1、个人身份证原件及复印件；
2、税务局颁发的纳税人识别号（税号）原件及复印件；
3、申报密码申请表，可在税务局现场领取或下载后填写打印。
综上所述，报销机票时需要遵守相关规定，如机票报销的时间限制、报销的金额限制等。在报销过程中，要遵守相关法律法规和公司制度，保持真实性和合法性。
【法律依据】：
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条
开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。