法律分析：农村合作医疗重大疾病的报销流程：
1、救助对象向户籍所在地村、居民委员会提出书面申请；
2、村、居民委员会接到申请后，应对申请人提交申请材料的真实性，和申请人家庭收入的情况进行调查核实；
3、对符合条件的，填写批准意见和救助金额，发放《城乡困难居民大病医疗救助证》，并送同级财政部门复核。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。