国家对解决备受人们诟病的“大学行政化、衙门化”问题决心很大，不但《国家中长期教育改革和发展规划纲要》正式写入了“探索建立符合学校特点的管理制度和配套政策，克服行政化倾向，取消实际存在的行政级别和行政化管理模式”的主张，而且也有明确的态度，令人高兴。但是冷静一想，心里还有点儿不够踏实，因为一些深层问题和相关问题好像还来不及进入人们的注意。
大学去行政化主要涉及两个方面的问题:一是政府与大学的关系，二是大学内部的治理结构。从政府与大学的关系看，大学应该有相对的独立性和自由度，而不是被政府高度管制和主导;从大学内部的治理结构看，以教授为代表的学术力量应该取代以行政为中心的权力系统，全面实行教授会制度和大学校长的遴选制度，行政系统只是一个办事或服务机构。我们必须认识到，中国“大学行政化”是一个存在，这个存在有一定的社会前提。不改变这个前提，仅凭一纸公文“取消实际存在的行政级别和行政化管理模式”，有可能事与愿违。
“大学行政化”实质上是全社会“官本位”意识及其体制的产物。除了学校干部行政级别的明确化外，还有讲师、副教授、教授相当于科级、正副处级还是副厅正厅级的说法。在官本位体制内，这种对应的确便于学校同政府部门的同级对话和对等接待。这或许是一种无奈的被适应，因为不适应，就会与这套体制格格不入。后来，有人发现“被行政化”其实也很受用，因为他可以在这套体制内获得权力所有者的同等利益，于是被适应逐渐变成了主动适应乃至积极追求。
从行政控制的角度来说，“大学行政化”意味着把大学纳入了与政府对等部门平起平坐的位置，在“官本位”意识主导的社会里，人们通常很容易将“大学行政化”看成是对大学教育的重视和对学术的尊重，是一种“抬举”。然而正是在大学被行政不动声色地“招安”的同时，实际上也逐步丧失了办学的主体地位，毕竟有对等，就有同上级或上上级的领导与被领导关系。于是“政府对大学的行政管理日益强化，大学越来越像行政单位而非独立的教学科研机构”。
改革决不是局部的修修补补，不改变社会的“官本位”体制，不改变政府对大学的高度管制和主导模式，简单的大学去行政化很可能让大学活得更加窝囊，而且有苦无处说。在一个连和尚都有级别的官本位社会里，如果连说话的分量甚至机会都没有，还能有多大作为?所以，我们还真的不能笼统指责一些人士的忧心。“官本位”体制不改，“大学去行政化”就是一句空话。改革是一个系统工程，一种系统行为。