1141年(绍兴十一年)，金国在无力攻灭南宋的情况下，准备重新与宋议和。宋廷乘机开始打压手握重兵的将领，尤其是坚决主张抗金的岳飞、韩世忠二人。完颜兀术在给秦桧的书信中说“必杀岳飞，而后和可成”。
四月，张俊、韩世忠、岳飞三大将被调离军队，到临安枢密院供职。
五月，张俊在和岳飞巡视楚州韩世忠的军队时，暗中挑唆岳飞，欲一同分解此军，却遭飞严肃回绝。秦桧又欲陷害韩世忠，飞再次保全了韩。岳飞回朝后，即遭秦桧党羽万俟卨、罗汝楫的弹劾，诬蔑飞援淮西“逗留不进”、主张“弃守楚州”，要求免除岳飞枢密副使之职。八月九日，岳飞被罢枢密副使，充“万寿观使”的闲职，飞自请回到江州庐山旧居赋闲。
岳飞此时已无兵无权，但对他的迫害却仍在步步紧逼。在秦桧授意下，张俊利用岳家军内部矛盾，威逼利诱都统制王贵、副统制王俊先出面首告张宪“谋反”，继而牵连岳飞。
张俊私设公堂，向张宪严刑逼供，毫无结果之下，竟捏造张宪口供“为收岳飞处文字谋反”。岳飞在江州居留，为时甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”临安府。十月十三日，岳飞被投入大理寺(原址在今杭州小车桥附近)狱中，此前其长子岳云也已下狱。
岳飞义正词严地面对审讯，并袒露出背上旧刺“尽忠报国”四大字，主审官何铸见此，亦为之动容。何铸查得岳案冤情，如实禀告秦桧。秦桧却说：“此上(高宗)意也!”改命万(mò)俟(qí)卨(xiè)主审此案。
万俟卨用尽手段，也无法使岳飞三人屈招一字。飞宁死不自诬，乃至以绝食抗争，经其子岳雷照顾，才勉强支撑下来。
十一月初七日，宋金“绍兴和议”达成：由宋向金称臣，将淮河以北的土地全部划归金国，并每年向金贡奉银绢各二十五万两匹。
和议虽已达成，但岳飞始终未能被释放。万俟卨等逼供不成，为了坐实冤狱，又为岳飞罗织搜剔了所谓“指斥乘舆”、“坐观胜负”等数条罪名，欲将飞一举定为死罪。
大理寺丞李若朴、何彦猷以飞为无罪，与万俟卨竭力争议，均遭罢官处分。布衣刘允升上书为飞申冤，被下大理寺处死。已赋闲的韩世忠因岳飞入狱之事质问秦桧，桧回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。”世忠忿然道：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下?”
十二月廿九日(1142年1月27日)，宋高宗下达命令： “岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施行，令杨沂中监斩，仍多差兵将防护。”
当日，狱官一早就将处死岳飞的诏令告诉了岳飞。岳飞只留下八个绝笔字：“天日昭昭，天日昭昭!”岳飞沐浴完毕穿好衣服后，两个狱卒用大铁棍猛击岳飞的两肋，岳飞在惨叫声中死去，时年39岁。等在外边的万俟卨随即进来仔细查验了一下尸体，确信死了之后才离开。
岳飞在大理寺狱中被杀害，宋代史料并无“风波亭”的记载。
按照规定，岳飞的尸体被就地埋葬在大理寺的墙角下，以防被人偷走。好心的狱卒隗顺怀着悲愤的心情，深夜冒死偷偷挖出岳飞的尸体，又照原样把原先埋葬的地方伪装好。他背着尸身，流着眼泪，走出临安城西北的钱塘门，偷偷将岳飞埋葬于九曲丛祠附近山麓的平地上，后在坟前种了两棵橘子树，以作标记，又于后来制作的墓碑上诡称为贾宜人坟。为了以后容易辨认，隗顺在埋葬岳飞尸身时，将岳飞随身带的一个玉环放到岳飞的身体下边。
张宪和岳雲则被绑赴临安城的闹市处斩，行刑时杨沂中亲自监斩，张俊也亲临刑场。岳雲时年刚刚二十三岁，张宪年龄比岳飞小一些。两个岳家军的猛将，就这样死在高宗和秦桧等投降派的屠刀之下。
杨沂中随即将监斩的情况向秦桧做了汇报，秦桧随即以奏疏的形式汇报高宗，两人都松了一口气。岳飞的死讯传出，南宋百姓们都为之哭泣;消息传到金国，金国大臣们为此酌酒庆贺，并说：“和议自此坚矣!”
死讯传到岳飞府邸，岳飞妻子李娃表现得异常坚强。她知道自己已经是这个家庭唯的支柱，她没有哭，一边照顾年幼的孩子，一边安排家人准备远行必备的东西。岳飞和张宪两人的家属后被流放到岭南和福建的荒郊原野，家产则被没收。