1912年4月，袁世凯取得政权后，建立了北洋军阀统治。同盟会内部分化，袁世凯便趁机拉拢部分革命党人与之“合作”，实现了中国短暂的统一。
1913年的“宋教仁案”和“善后大借款”后，李烈钧奉孙中山的命令，在江西湖口宣布独立，组织讨袁军，“二次革命”爆发。江苏、上海、安徽、湖南、广东、福建等地先后独立。由于国民党人仓促应战，缺乏统一领导，“二次革命”被北洋军打败。
袁世凯取胜“二次革命”后，便开始了发展实业的计划，同时也加紧复辟帝制。1915年12月25日，蔡锷在云南宣布独立，组织护国军兴师讨袁，发动护国战争。随后，贵州、广西、广东、浙江、陕西等省相继宣布独立。因为外交的压力和财政的危机，袁世凯于1916年3月22日被迫取消帝制。
袁世凯死后（1916年6月6日），北洋军阀分裂为皖系、直系、奉系三大派系。皖系的段祺瑞在日本的支持下，控制皖、浙、闽、鲁、陕等省；直系的冯国璋在英美的支持下，控制长江中下游的苏、赣、鄂及直隶等省；奉系的张作霖以日本为靠山，占踞东北三省。另外，山西的晋系军阀阎锡山，徐州一带张勋的定武军，西南的滇系军阀唐继尧和桂系军阀陆荣廷等，都在外国列强操纵下，争斗不已。
袁世凯死后，黎元洪继任大总统职位，与在中央掌实权的段祺瑞争权夺利，发生“府院之争”。1917年7月，张勋应黎元洪“调停”之邀，率领五千“辫子军”入京，复辟帝制，激起全国人民的反对。段祺瑞以“功臣”自居，重任国务总理。段祺瑞掌握政府大权后，企图以武力手段统一南方军阀，激起南方革命派及西南军阀的反对。
1917年8月，孙中山任中华民国军政府大元帅，随即讨伐段祺瑞的第一次护法战争拉开帷幕。在北洋军的镇压下，北伐军受挫；加之军政府内部的矛盾，1918年5月，孙中山辞职，护法战争失败。护法运动的失败，再次证明了资产阶级领导的旧民主主义革命已濒临绝境。